“十一五”国家科技支撑计划(2007BAD29B03)
- 作品数：21 被引量：172H指数：8
- 相关作者：尹绍武陈国华张本齐兴柱黄海更多>>
- 相关机构：海南大学南京师范大学广东海洋大学更多>>
- 发文基金：“十一五”国家科技支撑计划国家自然科学基金海南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程更多>>
- 基于Cyt b基因序列研究6种裸胸鳝属鱼类的进化关系被引量：9
- 2009年
- 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用PCR扩增产物克隆到T载体后进行序列测定,获得黄边裸胸鳝(Gymnothorax flavimarginatus)、斑点裸胸鳝(G.meleagris)、波纹裸胸鳝(G.undulatus)、云纹裸胸鳝(G.chilospilus)、匀斑裸胸鳝(G.reevesi)5种裸胸鳝的线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因全序列1140bp。结合GenBank中的蠕纹裸胸鳝(G.kidako)Cyt b同源序列进行比较分析,结果表明:(1)1140个位点中共有367个核苷酸位点存在变异(32.2%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为3.223;云纹裸胸鳝和斑点裸胸鳝遗传距离差异最大,为0.226;(3)以花鳗鲡(Anguilla marmorata)为外群,采用NJ法和MP法构建系统发育树,在所分析的6种裸胸鳝属鱼类中,斑点裸胸鳝和波纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置,其余4种聚为另外一支。蠕纹裸胸鳝样本来源于日本海,其余5种裸胸鳝来源于中国南海,从系统树上来看,它们之间并没有明显的地域差异。
- 杜民齐兴柱尹绍武霍蕊张本陈国华
- 关键词：细胞色素B基因
- 波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)不同地理种群遗传多样性的微卫星分析被引量：6
- 2013年
- 以海南陵水海域、马来西亚海域、西沙海域、南沙海域四个不同地理群体的波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)为研究对象,利用微卫星(SSR)分子标记技术对其群体遗传多样性进行分析。研究结果表明,15对微卫星引物在4个群体中共检测到246个等位基因;期望杂合度、观测杂合度、多态信息含量、Shannon's信息指数结果在4个群体中均以马来西亚群体为最高,分别为0.736、0.531、0.696和1.705;聚类分析结果显示波纹唇鱼的4个群体明显地聚为2支,马来西亚群体、海南陵水群体和西沙群体聚为1支,南沙群体独立1支;AMOVA分子方差分析结果显示,波纹唇鱼60.90%的遗传变异来自于个体间,35.75%的遗传变异来自于群体内个体间,仅有4.15%的遗传变异来自于群体间;群体遗传分化系数Fst为0.373 0,群体间基因流Nm为0.840 5。本研究显示波纹唇鱼种群具有较高遗传多样性水平,群体间存在较大程度的遗传分化。
- 胡静侯新远尹绍武祝斐贾一何胡亚丽
- 关键词：波纹唇鱼微卫星
- 基于mtDNA ND1基因序列研究不同地理群体波纹唇鱼的遗传多样性和遗传分化被引量：4
- 2014年
- 以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)作为研究对象,利用线粒体DNA ND1基因序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析。通过PCR扩增、克隆与序列测定技术,获得ND1基因序列长度为975 bp,其多态性遗传参数统计显示,101个个体存在13个变异位点,14个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)为0.292,平均核苷酸差异数(K)为0.335,核苷酸多样性指数(Pi)为0.000 35,表现出遗传多样性处于较低水平。Tajima′s D中性检验结果为-1.768 09(P=0.031)表明波纹唇鱼在历史上经历过近期群体扩张或瓶颈效应。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异来自群体内。该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。
- 胡静侯新远尹绍武祝斐贾一何胡亚丽
- 关键词：波纹唇鱼遗传分化
- 军曹鱼群体遗传结构的AFLP分析被引量：6
- 2011年
- 筛选出10对扩增片段长度多态分析技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)的选择性扩增引物(E-aga/M-cgt、E-aga/M-cga、E-agc/M-cga、E-agg/M-cga、E-act/M-cgc、E-aag/M-cgc、E-aca/M-cga、E-aac/M-cgc、E-aac/M-cac和E-aac/M-cat),分析了4个军曹鱼(Rachycentron canadum)全人工繁育群体海南1(HN1)、海南2(HN2)、湛江(ZJ)和流沙湾(LS)的遗传结构。结果表明:总体多态位点比例(83.9%)、分化指数(0.427 8)和Shannon信息指数(0.614 9)均处于较高水平,遗传多样性丰富;主坐标分析和邻位连接树中LS-HN2支与ZJ-HN1支明显分离,各群体内多样性水平存在差异(遗传多样性大小依次为HN1、HN2、LS、ZJ),但总体基因流仍然较大(Nm=10.327),分子方差分析(AMOVA)获得的群内方差(53%)也略大于群间(47%)。
- 王中铎史沛鑫苏惠娜赵洁沈恩健刘楚吾
- 关键词：军曹鱼
- 军曹鱼线粒体DNA全序列与鲹鱼宗系的系统进化被引量：3
- 2011年
- 通过长距PCR法测得军曹鱼(Rachycentron canadum)全长16758 bp的mtDNA基因组全序列(GenBank登录号:FJ154956和NC_011219),结构组成与其他硬骨鱼类基本一致。Blast获取GenBank数据库的高相似度(score=10055—30213)全序列数据,运用最大简约法、邻位连接法、最大似然法和贝叶斯法重建了军曹鱼与其他鱼类的系统发育关系,并采样用松散分子钟(Uncorrected relaxed lognormal clock)对军曹鱼的起源时间进行了估算,结果表明:(1)军曹鱼与鲯鳅科的亲缘关系较参与分析的其他鱼类更为密切(后验概率为0.997),推测军曹鱼大约起源于56百万年(Million years ago,Ma)前的古新世塔内特阶(Thanetian)时期;(2)军曹鱼科、鲯鳅科和印鱼科聚为一支,但其置信度较低(后验概率为0.593),且丝帆鱼科、鲹科分别与鲭科和鲀科鱼类聚为不同分支,因此不支持鲹鱼宗系(Carangoid lineage)为单系群。
- 王中铎郭昱嵩刘楚吾刘筠
- 关键词：军曹鱼线粒体DNA系统进化
- 海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体微卫星多态分析被引量：10
- 2008年
- 采用微卫星分子标记技术对海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体的遗传变异进行了研究，实验所用点带石斑鱼分别于2005年6月和9月取白海南万宁石斑鱼养殖基地和三亚近海，均为20尾，取全血以酚-氯仿抽提方法提取基因组DNA，利用微卫星引物进行PCR扩增，反应产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、银染显色，并计算了相应的遗传学参数，结果表明，在野生和养殖群体中，7个基因座位的等位基因平均数（A）分别为3．29和3．29，每个基因座位有效等位基因数（αe）分别为1．90—3．68和1．83—4．06，野生和养殖群体平均杂合度（H。）分别为0．7904和0．8337；两个群体间的遗传相似性系数为0．8325，遗传距离为0．1834，由此可知，点带石斑鱼野生群体的等位基因数、平均有效等位基因数等于养殖群体，而杂合度两群体相当（P=0．637〉0．05），说明海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体的种质资源较好。图1表4参19、
- 尹绍武廖经球黄海陈国华张本姚舒
- 关键词：点带石斑鱼野生群体养殖群体微卫星分子标记
- 波纹唇鱼微卫星分子标记的筛选及适用性分析被引量：7
- 2012年
- 采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼（Cheilinusundulatus）基因组DNABspl43I酶切位点的400～1000bp片段中筛选CA／GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18．T载体上构建富集微卫星基因组丈库后，通过PCR筛选出阳性克隆进行测序。在120条序列中有88条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点，阳性序列比例达到73．33％。其中完美型（perfect）类型微卫星最多的重复次数为26次。在88条非冗长序列中，共有28条r31．82％）微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。用波纹唇鱼3个个体的混合基因进行引物筛选，其中的24对具有清晰的扩增条带。将筛选的24对引物对波纹唇鱼1个群体的39个个体进行遗传多样性分析，其中4对引物扩增产物为单态，20对扩增产物呈多态性；20对扩增多态的引物在39个个体中扩增出等位基因数为2～12，平均有效等位基因数为3．5。该波纹唇鱼群体的P／C、Ho，He的平均值分别为0．0782、0．8513、0．5667。这20个微卫星位点适于波纹唇鱼群体遗传结构的研究分析。
- 彭艳辉骆剑尹绍武朱晓平胡静刘志亮祝斐齐兴柱胡亚丽
- 关键词：微卫星分子标记磁珠富集法
- 基于线粒体D-loop基因探讨花鳗鲡的群体遗传多样性及其种群进化历史被引量：3
- 2012年
- 通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+T含量(68.1%)明显高于G+C含量(31.8%)。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度(Hd)、核苷酸多态性(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.982、0.21577和219.655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1.000、0.26728和271.821,两个群体之间平均遗传距离(P)为0.3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D(海南群体D=1.35345,P>0.01;菲律宾群体D=0.79220,P>0.01)和Fs(海南群体Fs=3.759;菲律宾群体Fs=2.231)探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。
- 丁旭齐鑫尹绍武
- 波纹唇鱼染色体核型分析被引量：12
- 2009年
- 为了解波纹唇鱼(Cheilinus undulates)的细胞生物学特征,采用植物血凝集素PHA、秋水仙素腹腔注射和空气干燥制片法以头肾组织为材料,对波纹唇鱼的染色体核型进行了研究。结果表明,波纹唇鱼具有染色体48条,核型公式为2n=48=6m+42t,NF=54,未发现随体、次溢痕及性染色体,其核型符合典型的高位类群鱼类核型特征。
- 霍蕊张本陈国华尹绍武王世锋齐兴柱
- 关键词：染色体核型
- 军曹鱼全人工繁殖群体遗传特征的SSR分析被引量：7
- 2010年
- 利用8个微卫星DNA位点分析南海海域5个军曹鱼全人工繁育群体(HN1、HN2、ZJ、FJ和LS)子代的遗传多样性特征和群体间遗传分化。结果显示,军曹鱼养殖群体与天然群体的遗传结构特征基本一致:1)平均有效等位基因数为3.910±0.440,观测杂合度为0.595±0.049,分子方差分析(AMOVA)表明,个体内分化占主导(46%),军曹鱼养殖群体整体遗传多样性较高;2)群体间基因流明显(N_m=2.5959,F_(st)=0.0878),整体分化程度较低。各养殖群体表现出不同于天然大群体的特征:1)绝大部分位点均明显偏离哈温平衡,杂合子缺失或过剩现象普遍存在;2)聚类和群体分配分析等表明HN2与另四个养殖群体(HN1、ZJ、FJ和LS)分化明显。
- 王中铎陈铁妹郭昱嵩罗杰刘丽刘楚吾
- 关键词：军曹鱼养殖群体微卫星DNA
