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含手性Pt（dach）抗癌药物与DNA作用的理论研究: ＜正＞顺铂抗癌作用的发现及其临床应用开辟了金属配合物抗癌药物研究的新领域。顺铂对睾丸、卵巢肿瘤有极高的疗效,对治疗口咽、支气管、宫颈、淋巴等肿瘤也有一定功效。但是, 由于顺铂存在着明显的缺陷,比如具有严重的毒副作用,没有...; 曲雯雯谭宏伟陈光巨; 文献传递

咪唑桥连双核铜SOD模拟物的电子结构及催化活性的理论研究被引量：2: 2008年; 利用半经验PM3和密度泛函B3LYP方法研究了β环糊精咪唑桥连双核铜SOD模拟物({[Cu(L).(H2O)(β-CD)]2(im)}3+)、模拟物的衍生物及模拟物与底物分子结合的复合物分子的电子结构,运用自然键轨道(NBO)方法对该体系的电荷分布及成键特征进行了分析.计算结果表明,该模拟物中核心Cu离子与配体H2O分子的结合较弱,在进行超氧阴离子自由基催化反应中可被其它配体所取代.胍基的存在使得超氧化物歧化酶中Cu所带的正电荷增多,而有利于催化反应的进行.与其它配位原子相比,与两个五元环连接的N原子与Cu配位能力相对下降,这也将有利于提高Cu离子与底物的结合能力.由于自由基分子形式,使得超氧化物歧化酶模拟物与反应底物(O.2-)在酸性条件下结合后的络合物中五重态构型比相应的单重态构型更加稳定.同时双核之间的咪唑桥环也对稳定该模拟物的构型起到了一定的作用.; 陆清霞谭宏伟陈光巨王艳; 关键词：自然键轨道理论

鱼类Ⅱ型抗冻蛋白-冰-水复合体系的理论模拟研究: 2006年; 对鱼类Ⅱ型抗冻蛋白冰晶组成的复合体系在真空条件下进行理论模拟计算的基础上,构建出鱼类Ⅱ型抗冻蛋白冰溶剂(水)的三元复合体系.经过350 ps的动态模拟,研究了溶剂化效应对蛋白冰相互作用体系的影响.通过分子力学及半经验量子力学的计算,进一步研究蛋白与冰晶的相互作用性质,结果表明溶剂化效应具有不容被忽视的重要作用.; 刘恺谭宏伟陈光巨佟振合; 关键词：溶剂化效应

Pd(Cu)在MgO(100)表面吸附CO和O_2的理论研究被引量：1: 2008年; 采用固体镶嵌势能模型和DFT/B3LYP方法研究了在Pd/MgO和Cu/MgO表面吸附CO和O2分子的电子性质.计算结果表明,在完美MgO(100)表面Pd原子对CO和O2的吸附能分别为206.5和84.8kJ/mol,因此可知Pd原子更容易吸附CO分子;而当Pd原子附着于有氧缺陷的MgO表面时,它对两种分子的吸附都非常弱.相反,附着于MgO表面的Cu原子对O2分子的吸附更为有利,其吸附能在140～155kJ/mol之间.研究结果还表明,对于双分子吸附体系,即CO+CO,CO+O2,O2+O2体系,双分子之间的结合力可减小完美MgO表面上Pd原子与被吸附分子的相互作用,使吸附能减少了46～96kJ/mol.而对于在MgO表面上的Cu原子,只有O2+O2体系使吸附能减少了大约50～71kJ/mol.; 郝兰王艳陈光巨

两种昆虫抗冻蛋白抗冻活性差异的分子基础被引量：3: 2006年; 云杉蚜虫(Choristoneura fumiferana)体内可产生一种抗冻蛋白(AFP),能够保护其在寒冷的冬季安全越冬,这类昆虫抗冻蛋白(简称CfAFP)存在多种异构体,其中CfAFP-501和CfAFP-337均呈现相似的左手β-螺旋结构.实验测定,相比CfAFP-337仅多出两个插入螺旋环的CfAFP-501的抗冻活性竟然是CfAFP-337的3倍左右.蛋白异构体CfAFP-501显著增强的抗冻活性和它的插入环数不成比例,当然也不能简单归因于两个插入环所导致的与冰晶作用部位及接触面积的增加.为了探讨两种昆虫抗冻蛋白异构体抗冻活性差异的分子基础,深入了解抗冻蛋白作用特点的普遍规律,分别使用分子力学、分子动力学模拟和量子力学方法来系统研究蛋白及其切割体与冰晶结合的结构特征及相互作用.结果表明,CfAFP-501中多数螺旋环比CfAFP-337具有更强的冰晶相互作用和破坏冰晶中水分子的成键的能力,由于螺旋长度增加导致CfAFP-501中各β-螺旋环之间协同效应的增强,是其具有显著增强的抗冻活性的主要来源.这种协同作用对具有β-螺旋结构的抗冻蛋白起十分关键的作用和重要贡献.; 周艳霞谭宏伟杨作银贾宗超刘若庄陈光巨; 关键词：昆虫抗冻蛋白抗冻活性量子力学分子力学

侧链间氢键的协同效应对环状多肽自组装的影响被引量：4: 2007年; 运用密度泛函(DFT)B3LYP方法和半经验分子轨道方法AM1对四种环状多肽[-(L-Asn-Ala)4-],[-(L-Asp-Ala)4-],[-(L-Gln-Ala)4-]和[-(L-Glu-Ala)4-]的单体、平行和反平行二聚体到十聚体进行了理论研究.结果表明,四种环状多肽无论以平行还是以反平行的方式聚集,聚集体中相邻两个环状多肽的侧链之间都能形成氢键.侧链间氢键的相互作用使得这些环状多肽在组装过程中的结构和能量变化均表现出一定的协同效应,这种协同效应加强了多肽纳米管的稳定性,同时对聚集模式的选取起到了决定性作用.; 曲雯雯谭宏伟刘若庄陈光巨; 关键词：自组装密度泛函理论

双铂核药物与DNA作用的理论研究被引量：5: 2006年; 利用分子力学和量子化学方法研究了双铂核药物[{transPtCl(NH3)2}2(μNH2(CH2)nNH2)]2+与寡聚DNA片段d(ATATGTACATAT)·d(ATGTGTACATAT)复合物的几何构型和电子结构.计算结果表明,Pt配合物与DNA中碱基G的N7原子形成了较强的配位键,并与O6原子之间存在较强的静电作用,使药物与DNA产生稳定作用,药物中的烃链的伸缩性使得DNA在键合药物后其构型并未发生大的变化.同时,铂配合物中配体NH3上的H与其邻近的鸟嘌呤的O6,DNA中磷酸根上的O以及与其邻近的碱基T上的O或N等电负性较大的原子间形成的氢键及弱氢键也是影响Pt配合物与DNA键合及其几何结构变化的重要因素.这些化学键和氢键是药物分子能够对DNA进行识别的重要基础.因此,可以认为药物结合后所引起DNA的变形较小可能是药物与顺铂产生不同的抗癌机理的主要原因.; 黄素兰郝兰谭宏伟陈光巨; 关键词：分子力学量子化学方法

铂类抗肿瘤药物ZD0473和顺铂识别碱基的能量基础: 2007年; 用分子力学与量子化学相结合的方法HF/lanl2dz//MM/uff及密度泛函方法B3LYP/lanl2dz//6-31g*探讨了ZD0473和顺铂分别与四个DNA片段识别所形成的GG,3′AG5′,3′GA5′及AA复合物的差异.结果表明,两种药物与GG碱基对的结合能力明显强于其他碱基对,从而显示出对GG碱基对更强的识别能力,而且由ZD0473构成的每种复合物的药物部分与DNA的相互作用能都比顺铂所形成的相应复合物的作用能大,说明ZD0473与DNA的结合能力强,抗肿瘤活性高.形成3′GA5′复合物而难以形成3′AG5′复合物的原因主要在于药物分子首先识别碱基G形成单配物,其次与单配物的结构变迁相关.; 郝兰李熙琛谭宏伟陈光巨贾木欣

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国家重点基础研究发展计划(G2004CB719900)