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可变剪接相关生物大分子相互作用数据库的构建: 表观遗传信息对于细胞组织特异性分化、发育、疾病发生起决定性作用。只有将遗传编码信息和表观遗传信息网络及交互作用机制研究清楚,才有可能真正解读细胞内的生命过程。建立可变剪接相关生物大分子相互作用网络,进一步探究其网络组成及...; Tao YuYong Qiang XiangLu Cai; 关键词：可变剪接生物大分子数据库; 文献传递

体外组装含有组蛋白变体H2A.Z及H3.3的核小体被引量：4: 2016年; 核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,组蛋白变体H2A.Z及H3.3对染色质结构及基因转录过程发挥着重要的调控作用。体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构含有H2A.Z及H3.3的核小体结构是研究与组蛋白变体相关基因表达调控的重要方法之一。实验表达纯化了6种组蛋白,在复性的过程中装配了含有H2A.Z和H3.3的组蛋白八聚体。基于DNA序列10bp周期性及序列模体设计了3条易于形成核小体的DNA序列,通过PCR大量扩增的方法,回收了标记Cy3荧光分子的目的 DNA序列。采用盐透析法体外组装了含有H2A.Z和H3.3的核小体结构,利用荧光标记、EB染色及考马斯亮蓝染色检测了含有组蛋白变体的核小体形成效率及形成过程的吉布斯自由能变化。结果发现,设计的3条DNA序列可以有效地组装形成含有组蛋白电梯的核小体结构,而且随着组蛋白八聚体与DNA比例的增加,核小体的形成效率显著提高;采用Cy3荧光标记可以灵敏且定量地计算组装过程的吉布斯自由能。该方法的建立对研究组蛋白变体相关的结构生物学及转录调控等具有一定的意义。; 赵宏宇刘媛张凤慧邢永强蔡禄; 关键词：核小体定位染色质结构荧光标记

基于多信息融合的酵母重组冷热点预测: 2014年; 减数分裂重组并非均匀发生在基因组上,而是在一些区域有着较高的重组频率(重组热点),在另一些区域重组频率较低(重组冷点).重组的发生不仅与序列特征有关,还依赖于染色质的结构.准确鉴定重组热点和冷点对于认识重组发生的分子机制以及基因组进化规律具有重要意义.本文首先在实验数据的基础上识别2 kb尺度的重组冷热点,然后采用多样性增量结合二次判别分析(IDQD)和支持向量机(SVM)算法,基于一系列与DNA序列、结构及其热力学稳定性以及染色质结构相关的特征对酵母的重组冷热点进行了分类预测.结果表明,预测模型能够有效区分重组冷热点;从预测结果的敏感性、特异性和总精度来看,IDQD算法优于SVM算法.; 张冰洁刘国庆蔡禄; 关键词：热力学稳定性

原核生物大肠杆菌基因组序列形成核小体能力的预测: 2013年; 以大肠杆菌基因组为研究对象,基于体外组装的核小体序列中k-mers频数信息,采用多样性增量结合二次判别算法对核心DNA和连接DNA进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到83.08%和0.619.对大肠杆菌、酵母和人类基因组中核小体定位序列与缺失序列中偏好的k-mers进行了比较,结果表明核小体缺失序列更为保守.; 陈冰任松叶赵秀娟蔡禄; 关键词：大肠杆菌基因组核小体定位

Evolutionary direction of processed pseudogenes被引量：1: 2016年; While some pseudogenes have been reported to play important roles in gene regulation, little is known about the possible relationship between pseudogene functions and evolutionary process of pseudogenes, or about the forces responsible for the pseudogene evolution. In this study, we characterized human processed pseudogenes in terms of evolutionary dynamics. Our results show that pseudogenes tend to evolve toward: lower GC content, strong dinucleotide bias, reduced abundance of transcription factor binding motifs and short palindromes, and decreased ability to form nucleosomes. We explored possible evolutionary forces that shaped the evolution pattern of pseudogenes, and concluded that mutations in pseudogenes are likely determined, at least partially, by neighbor-dependent mutational bias and recombination-associated selection.; Guoqing LiuXiangjun CuiHong LiLu Cai

基于序列信息预测内含子保留型可变剪接: 2016年; 可变剪接是遗传信息传递与表达的重要环节,真核生物多外显子基因pre-m RNA的可变剪接现象非常普遍。可变剪接增加了蛋白质的多样性,影响诸如细胞组织特异性分化、个体发育、疾病发生等重要的生物学过程。基于内含子的k-mer(k=1…5)信息,利用多样性增量结合二次判别的方法,对保留型内含子和组成型内含子进行了区分。五折交叉检验显示的预测总精度、敏感性和特异性均大于70%。表明内含子的序列信息可能对保留型内含子的剪接有重要调控作用。; 李敏李瑞彬邢永强蔡禄; 关键词：可变剪接

人类转录因子与剪接因子互作网络的构建与分析被引量：1: 2014年; 转录因子与剪接因子分别是转录和剪接过程中的重要调控蛋白,研究转录因子与剪接因子的偶合作用对理解真核生物的基因表达调控有重要意义。作者基于SpliceAid F、TFclass、HPRD、Biogrid、DIP、Intact和HINT数据库,构建了转录因子和剪接因子的互作网络。使用连通度、聚类系数和中心度对互作网络进行分析;统计了与剪接因子或其它蛋白质相连通的转录因子的个数;通过定义蛋白质互作相对倾向性因子对蛋白质之间的互作倾向性进行评价。结果表明,转录因子与剪接因子以相互间隔1、2、3个蛋白质为主的方式相互偶合;瓶颈蛋白占直接连接转录因子和剪接因子的蛋白质的20%;转录因子与剪接因子的内部互作倾向性强于二者之间的互作倾向性。; 魏官云邢永强蔡禄; 关键词：转录因子剪接因子

人类剪接因子与转录因子的互作网络构建与分析: ＜正＞真核生物的基因表达调控是一个高度复杂有序的过程。转录、剪接、翻译等过程在时间空间上非常接近,并不是独立顺序地发生。越来越多的研究表明这些过程有着不同程度的耦合,其中转录与剪接的耦合是研究调控机制的关键。控制基因转录...; 魏官云蔡禄; 文献传递

人类组成型和可变外显子的密码子偏性及聚类分析: 2014年; 通过计算人类组成型外显子和可变外显子的RSCU值,对两种外显子的RSCU值进行了比较。结果表明,除了UAG、UGA、UAA 3个终止密码子外,两种外显子的密码子偏性都是相同的。对30条可变外显子和30条组成型外显子序列的RSCU值进行聚类分析,聚类结果不能把两种外显子区别开,证明两种外显子之间的密码子偏性是相同的。对这60条序列的HI进行了聚类分析,聚类结果没有把两种外显子分开。所以外显子序列中没有组成型剪接和可变剪接的信息。; 张占军邢永强王成爱; 关键词：密码子偏性聚类

人类组成型外显子和可变外显子的密码子偏向性分析: 可变剪接是多细胞真核生物蛋白质多样性的主要来源。随着高通量测序技术的应用,研究人员发现人类基因组中超过95%的pre-m RNA存在可变剪接现象。可变剪接主要包括五种类型:可变5’剪接（alternative 5’spl...; 张占军蔡禄; 关键词：ENC CPP; 文献传递

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