公益性行业科研专项(201201032)
- 作品数：5 被引量：14H指数：3
- 相关作者：何晓青王敬琦杨柏云孔维文陈南更多>>
- 相关机构：北京林业大学更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金公益性行业科研专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程更多>>
- 基于LAMP的人轮状病毒检测方法及其在水环境中的应用被引量：4
- 2013年
- 环介导的恒温扩增(LAMP)是新兴的一种快速DNA扩增技术,具有特异性强、敏感性高、反应迅速、设备简单等特点,在人类病毒性疾病的诊断领域有广泛的应用。为快速、高效地检测人轮状病毒,根据其特异性的VP7基因,设计了一套特异性引物对该基因进行LAMP,同时优化其反应条件。结果表明,LAMP最佳反应条件为:镁离子终浓度3 mmol/L,甜菜碱终浓度1 mol/L的25μL体系,65℃反应90min。扩增终产物酶切分析得到的条带大小与预期结果(280bp、193bp和78 bp)相吻合,以人轮状病毒、星状病毒及诺如病毒为模板进行特异性测试没有发生交叉反应。将人轮状病毒质粒等倍稀释后分别用LAMP及PCR检测其灵敏度,分别达到5.08 copies/μL和5.08×102copies/μL。用优化的LAMP分别检测北京地区12个生活饮用水及12个再生水水样,其人轮状病毒检出率分别为16.7%(2/12)和25%(3/12)。研究表明,LAMP是一种程序简单、灵敏度和特异性较高的检测手段,在人轮状病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。
- 杨柏云韦玉梅杨丽宋涵杨海霞何晓青
- 关键词：微生物学人轮状病毒LAMP饮用水再生水
- 基于流式细胞术研究管网水中细菌的稳定性被引量：2
- 2016年
- 为了更准确地研究管网水中细菌的稳定性,利用流式细胞术（Flow cytometry,FCM）和异养菌平板计数法（Heterotrophic plate count,HPC）检测北京市12处管网末梢水中细菌数量,并将两种方法的检测结果进行对比.进一步将FCM应用于细菌的再生长潜能和一天中细菌稳定性的研究中.结果显示,HPC对12处管网水中细菌的检测结果在0-23 CFU/m L间,而FCM测得活细菌数为2.2×10^3-1.6×10^4 cells/m L,细菌总数在22℃下培养7 d能生长到10^6-10^7 cells/m L.一天中不同时间用水量不同,细菌总数也不同.本研究表明,FCM测定方法明显优于HPC法,且能够快速准确地反映细菌的再生长潜能及短时间内细菌的稳定性特征.
- 刘婷婷陈南孔维文王敬琦何晓青
- 关键词：管网水流式细胞术生物稳定性
- 可同化有机碳和余氯对饮用水中细菌活性的共同影响被引量：3
- 2014年
- 对饮用水中可同化有机碳和游离余氯对细菌生长的共同影响进行了研究。以添加有大肠杆菌的管网水为试验对象,加入不同质量浓度次氯酸钠溶液,结合流式细胞仪检测了72 h内不同时间点可同化有机碳(AOC)质量浓度和活性细菌浓度的变化情况。结果表明:在AOC初始质量浓度为168.44μg/L的条件下,添加次氯酸钠后可同化有机碳质量浓度出现波动,是其他有机物氧化造成的;活细菌浓度在未添加余氯的情况下呈增长趋势,而在添加余氯的情况下整体呈下降趋势,且最终的活性细菌浓度与初始余氯质量浓度呈负相关。研究表明,在添加适量余氯的情况下,细菌活性主要受到余氯的抑制作用,而AOC导致的细菌再生长能力相对较弱。
- 刘晓露王敬琦张柏林何晓青
- 关键词：微生物学饮用水可同化有机碳流式细胞仪
- 基于esp基因和JCV标记的MST方法在五大流域典型水源地中的应用被引量：1
- 2015年
- 非点源污染目前已经成为影响水体环境的重要污染。微生物源示踪技术(microbial source tracking,MST)是解决非点源污染的一项新技术,它可以确定污染的宿主来源。肠球菌esp基因和多瘤病毒JCV可以作为检测水体中人源粪便污染的分子标记,其灵敏度和特异性都很高。为分析五大流域水源地是否受到人源粪便的污染,对辽河、海河、淮河、长江和黄河五大流域典型水源地水样进行采集和检测,选取人源粪便特异病原微生物肠球菌的esp基因和多瘤病毒JCV建立了相应的MST分子检测方法。结果表明,五大流域的典型水源地采样点均有可能受到了人源粪便的污染,可为当地相关部门提供技术支持和数据参考。
- 王敬琦孔维文刘婷婷陈南杨柏云何晓青
- 关键词：水源地MST
- 利用系统作图(Systems mapping)研究大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的互作遗传机制被引量：4
- 2019年
- 【背景】物种间相互作用是物种进化的重要推动力,然而如何将基因型和表型关联以及确定在物种相互作用过程中起重要作用的基因均面临挑战。【目的】通过系统作图(Systems mapping)得到两种微生物在相互作用过程中起重要作用的SNPs (Single nucleotide polymorphism),以及随着时间的变化,这些SNPs是如何相互联系进而影响大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的相互作用。【方法】分别对45株大肠埃希菌、45株金黄色葡萄球菌进行单独培养和混合共培养,通过实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)进行绝对定量,得到一定时间内各个菌株的生长量,比较相同菌株在不同培养条件下生长情况,以各个菌株重测序结果为基础,结合系统作图得到在相互作用过程中起重要作用的显著SNPs及其相互联系。【结果】通过系统作图分析,获得具有54对显著SNPs组合的三维曼哈顿图,这些组合中41个显著SNPs来自大肠埃希菌,12个显著SNPs来自金黄色葡萄球菌。在上述SNPs中已有6个SNPs所在的候选基因都可以直接或者间接影响微生物的生长量变化,从而影响两种微生物相互作用方式。它们分别是nhaR(E19056)参与生物膜的形成,rhlE(E832164)与核糖体的组装有关,csiD (E2789300)的表达可以使细胞面对恶劣环境,alk B (E2309274)可以参与DNA的损伤修复,sucA(E759230)和yjjW(E4614704)都参与细胞的代谢过程。【结论】系统作图可以检测到物种在相互作用过程中显著SNPs;物种相互作用过程中不同SNPs遗传效应随着时间变化;细菌的相互作用过程是直接遗传效应、间接遗传效应和上位性效应共同产生的结果。
- 张佐然李金婷梁雅静张琦金一何晓青
- 关键词：大肠埃希菌金黄色葡萄球菌单核苷酸多态性
