国家自然科学基金(30770415)
- 作品数：14 被引量：100H指数：7
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- 汩罗江与柳江鳤鱼线粒体细胞色素b基因的遗传变异初探被引量：1
- 2009年
- 测定并分析了长江水系汨罗江4尾鳤鱼(Ochetobius elongates)和珠江水系柳江2尾鳤鱼的线粒体细胞色素b基因部分序列981bp,发现6个单倍型,其中19个变异位点,简约信息位点15个;AT含量和GC含量分别为57.6%和42.4%。在基于Kimura双参数模型的邻接树上,汩罗江和柳江鳤鱼各自聚群。汨罗江4尾鳤鱼间的遗传距离为0.001～0.007,柳江2尾鳤鱼间遗传距离为0.001,而2群体间的平均遗传距离为0.015(0.013～0.017),群体间的遗传变异大于群体内的遗传变异,表明汩罗江鳤鱼与柳江鳤鱼出现较明显的遗传分化。由于本研究采集地理群体少,分析的样本小,为更好地揭示长江和珠江水系鳤鱼的遗传变异,上述结论尚需进一步分析更多大样本的地理群体加以验证。
- 范凤娟章群
- 关键词：细胞色素B
- 中国近海鯻科鱼类系统发育初探被引量：7
- 2010年
- 分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因联合分析更多属种,才能确定可否另立新属,并进一步明确鯻科鱼类的系统发育关系。
- 周佳怡章群唐优良余帆洋赵爽
- 关键词：线粒体16SRRNA系统发育
- 基于线粒体控制区全序列的长江中下游鳊的遗传多样性研究被引量：8
- 2010年
- 测定了湖南岳阳、江西都昌、上海崇明3个群体42尾鳊线粒体控制区全序列940bp,发现26个变异位点和15个简约信息位点,共检出28个单倍型。转换/颠换比为45.8。在邻接树上,来自不同地点的鳊混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。3个群体间的遗传距离为0.004～0.005,Fst值为0～0.05,表明3个群体间没有显著遗传分化,隶属同一种群。岳阳、都昌和崇明群体的核苷酸多样性分别为0.00501、0.00414、0.00409,单倍型多样性分别为1.00000、0.93407、0.97802,其中岳阳群体的核苷酸多态性与单倍型多样性在3个群体中最丰富,建议优先保护。
- 杨凡彭博赵爽章群
- 关键词：线粒体控制区
- 黄渤海松江鲈鱼线粒体控制区结构与序列多态性分析被引量：16
- 2010年
- 测定了辽宁丹东、盘锦与河北秦皇岛35尾松江鲈鱼线粒体控制区序列977bp。共检出单倍型30个,多态位点35个,简约信息位点27个,绝大多数变异集中在192-342bp、594-783bp区段,同时识别出了线粒体控制区5’端终止序列区、中央保守区和3’端保守序列区的关键序列。3个群体总的单倍型多样性为0.990,核苷酸多样性为0.00718,丹东群体核苷酸多样性最高(0.00959)。群体间、群体内平均遗传距离低(分别为0.0067和0.0063);在NJ树上不同地理来源的个体混杂分布;Fst分析显示丹东与秦皇岛群体间遗传分化相对较大(0.14222,p<0.05),其余不明显(0.02865-0.05616,p>0.1),表明3个群体有可能隶属同一个种群。核苷酸不配对分布图表明松江鲈鱼可能未经历过大规模的种群扩张。
- 刘海林章群唐优良余帆洋周佳怡
- 关键词：松江鲈鱼
- 中国近海5个黑鲷地理群体的遗传变异被引量：16
- 2010年
- 为有效保护和利用黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)资源,本研究测定了中国近海5个群体(北方海域的营口与崂山群体,南方海域的闽清、大亚湾、东兴群体)各10尾黑鲷线粒体控制区5′端722bp序列以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现42个单倍型,56个多态位点;群体单倍型多样性为0.978～1.000,群体核苷酸多样性为0.0067～0.0116。中性检测和核苷酸不对称分布分析表明,中国近海黑鲷在晚更新世(165～41kaBP)曾经历过种群的快速扩张。北方群体与南方群体之间的Fst值为0.1145(P=0.00),表明存在中等程度的分化,建议将中国近海黑鲷作为两个管理单位。
- 赵爽章群乐小亮彭博许忠能韦桂峰李贵生
- 关键词：线粒体控制区群体遗传结构
- 基于线粒体细胞色素b基因全序列的海南长臀鮠南渡江种群遗传变异分析被引量：9
- 2010年
- 测定了海南南渡江15尾海南长臀鮠（Cranoglanis bouderius multiradiatus）的cytb基因全序列1138bp，发现3个可变位点和1个简约信息位点，共检测到4种单倍型。海南长臀鮠Cytb基因具有典型的起始密码子（ATG）和不完全终止密码子（T＊＊），共编码379个氨基酸，密码子第三位点G的含量仅2.9%，而C和A的含量分别为39.1%和38.5%，在第二位点上T的使用频繁高达41.3%，表明cytb基因在密码子碱基的使用具有偏倚性。海南长臀鮠基于Kimura-2-parameter模型的单倍型间遗传距离为0.0009~0.0017，在NJ系统树中没有明显的谱系结构，单倍型多样性（0.600）和核苷酸多样性（0.0006）都较低，表明海南长臀鮠遗传多样性非常贫乏，应及时采取有效措施保护海南南渡江种群。
- 乐小亮赵爽刘海林章群
- 关键词：细胞色素B
- 中国近海小黄鱼遗传变异的细胞色素b序列分析被引量：7
- 2010年
- 分析了中国近海丹东、营口、舟山、温州和福州32尾小黄鱼线粒体Cytb基因的862bp序列,共检测到31个变异位点,13个简约信息位点,26个单倍型;单倍型多样性为0.984±0.013,核苷酸多样性为0.00395。高单倍型多样性和低核苷酸多样性,Tajima’s中性检验为负值且显著,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,在简约性网络图中单倍型呈星状分布,表明小黄鱼经历过种群扩张,扩张年代约为0.14MY前。群体间较低的Fst值和较高的Nm值,在NJ系统树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,分子方差分析都表明群体间未出现明显的遗传分化,与传统的地理群体划分并不一致。推测小黄鱼产浮性卵、生活史中出现大规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡可能是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因。
- 彭博章群赵爽乐小亮
- 关键词：小黄鱼细胞色素B
- 中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析被引量：13
- 2010年
- 测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P>0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P>0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。
- 乐小亮章群赵爽范凤娟
- 关键词：真鲷线粒体控制区
- 珠江水系特有卷口鱼遗传变异的线粒体Cytb基因序列分析被引量：6
- 2010年
- 测定了广西合山、柳州、桂平和广东郁南等4个地理群体43尾卷口鱼线粒体Cytb基因1041bp,结果检测到8个单倍型,7个多态位点。4个地理群体的单倍型多样性为0.248～0.700,核苷酸多样性为0.00022～0.00070,表明所分析的卷口鱼群体单倍型多样性和核苷酸多样性低。在分子系统树上,不同地理来源的卷口鱼混杂分布在一起,没有形成明显的谱系结构和地理聚群;4个群体两两间的Fst值为-0.028～0.116,但均不显著(P>0.08);AMOVA分析表明1.70%(P=0.21)的分子差异来自群体间,而98.3%的分子差异位于群体内部;表明4个地理群体间没有显著遗传分化。单倍型网络图呈星状结构,中性检测Tajima’sD和Fu’sFS均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈单峰模式,表明珠江卷口鱼可能曾经历过种群的快速扩张,推测在晚更新世(1.5～3.9万年前)出现种群扩张。
- 范凤娟章群赵爽李名立周佳怡余帆洋唐优良
- 关键词：细胞色素B基因珠江水系
- 太湖与广东汤溪水库微囊藻gyrB基因序列分析被引量：3
- 2010年
- 测定了江苏太湖和广东汤溪水库7株铜绿微囊藻(M.aeruginosa)和1株水华微囊藻(M.flos-aquae)gyrB基因部分序列(974bp),发现40个变异位点,17个简约信息位点,平均(G+C)%为47.8%,序列间相似性≥97.10%.在NJ分子系统树上,不同种类的微囊藻混杂分布,表明基因型聚类与表型无直接关系;不同地理来源的铜绿微囊藻间遗传变异小,没有明显的地理聚群,反映出地理差异并不影响遗传上的相似性;支持暂将不同藻种归为铜绿微囊藻复合种的分类处理.gyrB基因对微囊藻遗传差异的解析效果优于16S rRNA,与16S-23S ITS和cpcBA-IGS等效果相当,表明gyrB基因可能成为研究微囊藻分类和遗传变异新的良好分子标记.
- 刘海林章群李名立胡韧雷腊梅
- 关键词：微囊藻系统发育太湖
