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国家高技术研究发展计划(2001AA231011)

作品数:7 被引量:78H指数:4
相关作者:罗静初李亦学孙景春徐晋麟顾孝诚更多>>
相关机构:北京大学上海交通大学中国科学院上海生命科学研究院更多>>
发文基金:国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金更多>>
相关领域:生物学医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 7篇中文期刊文章

领域

  • 4篇生物学
  • 3篇医药卫生
  • 1篇自动化与计算...
  • 1篇农业科学

主题

  • 3篇生物信息
  • 2篇蛋白
  • 2篇蛋白质相互作...
  • 2篇生物信息学
  • 2篇膜蛋白
  • 2篇跨膜
  • 2篇跨膜蛋白
  • 2篇冠状
  • 2篇冠状病毒
  • 2篇病毒
  • 1篇蛋白质功能
  • 1篇蛋白质功能预...
  • 1篇蛋白质序列
  • 1篇蛋白质序列分...
  • 1篇多序列比对
  • 1篇训练集
  • 1篇药物靶标
  • 1篇人类基因
  • 1篇人类基因组
  • 1篇生命活动

机构

  • 3篇北京大学
  • 3篇上海交通大学
  • 2篇中国科学院上...
  • 1篇电子科技大学
  • 1篇上海第二医科...
  • 1篇中国科学院
  • 1篇欧洲生物信息...

作者

  • 3篇罗静初
  • 3篇李亦学
  • 2篇高歌
  • 2篇陈蕴佳
  • 2篇顾孝诚
  • 2篇徐晋麟
  • 2篇刘琪
  • 2篇孙景春
  • 1篇吴昕
  • 1篇方刚
  • 1篇吴健民
  • 1篇邓勇
  • 1篇刘翟
  • 1篇叶志强
  • 1篇尹燕斌
  • 1篇蔡涛
  • 1篇郭晓奎
  • 1篇何坤
  • 1篇曹建平
  • 1篇姜颖

传媒

  • 3篇科学通报
  • 1篇遗传
  • 1篇Journa...
  • 1篇化学学报
  • 1篇Cell R...

年份

  • 1篇2006
  • 1篇2005
  • 1篇2004
  • 4篇2003
7 条 记 录,以下是 1-7
排序方式:
钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量:4
2006年
问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病.该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础.本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络.对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析.除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能.这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例.
孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学
关键词:问号钩端螺旋体
基因组数据库简介被引量:2
2003年
本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。
方刚陈蕴佳高歌刘翟何坤吴昕顾孝诚罗静初
关键词:微生物基因组人类基因组数据库系统生物信息
大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用被引量:14
2005年
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用.目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据.但是,与传统的实验结果相比,蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性.为了能够充分利用这些数据,需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价,进而提高数据的可信度,并从中挖掘出有价值的生物信息.本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结,包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用,并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向,以期有助于这些数据的研究和应用.
孙景春徐晋麟李亦学石铁流
关键词:蛋白质相互作用蛋白质功能预测生物途径大规模数据生物学研究生命活动
Identification of an epitope of SARS-coronavirus nucleocapsid protein被引量:30
2003年
The nucleocapsid (N) protein of severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) is a majorvirion structural protein. In this study, two epitopes (N1 and N2) of the N protein of SARS-CoV werepredicted by bioinformatics analysis. After immunization with two peptides, the peptides-specific antibodieswere isolated from the immunized rabbits. The further experiments demonstrated that N1 peptide-inducedpolyclonal antibodies had a high affinity to bind to E. coli expressed N protein of SARS-CoV. Furthermore, itwas confirmed that N1 peptide-specific IgG antibodies were detectable in the sera of severe acute respiratorysyndrome (SARS) patients. The results indicated that an epitope of the N protein has been identified andN protein specific Abs were produced by peptide immunization, which will be useful for the study of SARS-CoV.
YINGLINXuSHENRUIFuYANGYIXUELIYONGYONGJIYouYuHEMuDESHIWEILUTIELIUSHIBINGSUNJINWANGHONGXIAWANGHUALIANGJIANGJIANHUASHENYOUHUAXIEYUANWANGGANGPEIBBIFENSHENJIARUIWU
关键词:SARS冠状病毒抗原决定簇核壳蛋白
基于氨基酸模糊聚类分析的跨膜区域预测被引量:3
2004年
跨膜蛋白在进化过程中 ,序列保守性较差 ,即使是同源蛋白序列的一致性程度也较低 ,因而在跨膜区预测算法中 ,通过序列的一致性程度来选取训练集并不能有效地消除预测结果对训练集的过度适应性 .本文提出了一种基于氨基酸模糊聚类分析的预测算法 ,通过氨基酸在各个区域分布的相似性程度进行模糊聚类 ,从而根据一类氨基酸的分布特性而不是各个氨基酸的分布特性进行跨膜区预测 .结果表明 ,该方法能在一定程度上消除训练集的选取对测试结果的影响 ,提高跨膜蛋白拓扑结构预测的准确度 ,特别是提高对目前知之甚少的跨膜蛋白的预测准确度 .
邓勇刘琪李亦学
关键词:氨基酸跨膜蛋白训练集拓扑结构
G蛋白偶联受体及其生物信息学研究被引量:10
2003年
G蛋白偶联受体(G-protein-coupled receptor,GPCR)是一类具有7个跨膜螺旋的跨膜蛋白受体GPCR的结构特征和在信号传导中的重要作用决定了其可以作为很好的药物靶标。目前世界药物市场上有三分之一的小分子药物是GPCR的激活剂(agonist)或拮抗剂(antagonist),这说明该类受体和它们的配基在药物开发和设计中占有极其重要的地位。以公开数据库中已有的基因组序列和EST序列作数据源,利用生物信息学手段寻找新的GPCR编码基因(新的药物靶标),并构建GPCR分子生物学数据库一直是GPCR研究领域中的热点。综合利用生物信息学和高通量配基筛选方法,寻找可以用作新的药物靶标的GPCR,进而鉴定出它们的特异性或非特异性配基,是GPCR研究和药物开发的一个重要方向。
尹燕斌罗静初姜颖
关键词:G蛋白偶联受体GPCR孤儿受体生物信息学跨膜蛋白药物靶标
SARS冠状病毒全基因组序列初步分析被引量:16
2003年
对已经完成全序列测定的 12个SARS病毒基因组进行了多序列比对 ,发现序列主体部分 2 970 8b具有99 82 %的相同碱基 ,除 2个序列各有 5个和 6个碱基的缺失外 ,其余部分共有 4 2个位点核苷酸碱基的差异 ,其中2 8个位点的碱基差异可引起氨基酸残基改变。利用蛋白质二级结构和跨膜螺旋预测以及蛋白质定位等生物信息学工具 ,分析了这些产生氨基酸改变部位的蛋白质构像 ,推测了可能产生的结构和功能改变 ,为进一步生物学实验提供参考。所有分析结果同时在北京大学生物信息中心抗SARS网站 (antisars.cbi.pku .edu .cn)上发布。
陈蕴佳高歌鲍一明Rodrigo LOPEZ吴健民蔡涛叶志强顾孝诚罗静初
关键词:SARS冠状病毒多序列比对蛋白质序列分析生物信息学
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