教育部“新世纪优秀人才支持计划”(NCET-10-0644)
- 作品数：3 被引量：21H指数：2
- 相关作者：刘娟陈佳梅袁静萍王林伟屈爱平更多>>
- 相关机构：武汉大学首都医科大学附属北京世纪坛医院更多>>
- 发文基金：教育部“新世纪优秀人才支持计划”国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 计算机图像分析挖掘乳腺癌病理预后新指标被引量：2
- 2014年
- 应用计算机辅助图像分析方法研究了230例乳腺浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma of the breast,IDC)的1 150张苏木素-伊红组织病理图像。用支持向量机模型分割上皮-间质,用标记点控制的分水岭算法分割细胞核,提取出730个形态学特征。Kaplan-Meier生存分析显示12个形态学特征与8年无病生存相关(P<0.05);Cox比例风险回归模型显示其中4个参数为独立预后因子:癌巢细胞密度(HR 1.645,95%CI[1.193,2.270],P=0.002)、间质细胞结构特征(HR 1.507,95%CI[1.084,2.095],P=0.015)、癌巢特征(HR 1.361,95%CI[1.026,1.804],P=0.032)及癌巢细胞核特征(HR 0.731,95%CI[0.538,0.993],P=0.045),可作为预测IDC预后的病理新指标。
- 陈佳梅屈爱平王林伟袁静萍杨芳向清明Ninu Maskey杨桂芳刘娟李雁
- 关键词：乳腺浸润性导管癌形态学特征
- 基于苏木素-伊红组织病理图像的计算机辅助的乳腺癌预后被引量：5
- 2016年
- 定量分析苏木素-伊红(H&E)染色组织病理图像作为一个新兴领域得到越来越多的关注。本文综述了计算机辅助的图像分析方法在乳腺癌预后中的应用。首先简述了乳腺癌基于H&E组织病理图像的传统预后评估。然后概述了计算机辅助的预后评估,包括图像采集、图像预处理、感兴趣区域检测及对象分割、特征提取,以及计算机辅助的预后。最后总结了计算机辅助的乳腺癌预后研究所面临的主要挑战和未来的发展方向。
- 陈佳梅屈爱平刘文楼王林伟袁静萍刘娟李雁
- 关键词：乳腺癌
- 第二代测序序列比对方法综述被引量：14
- 2012年
- 使用聚合酶合成技术的Illumina和454平台以及使用连接酶合成测序技术的SOLiD平台是目前三种主流的第二代测序平台.对第二代测序平台产生的高通量序列片段进行比对的方法一般分为两步:①预处理,②序列比对.预处理方法有两类,即基于哈希表的方法和基于后缀trie的Burrows-Wheeler转换思想.序列比对方法也可分为两类,一是空位种子片段索引,二是Smith-Waterman动态规划算法.本文使用Illumina和SOLiD两种平台产生的数据对常用的比对软件SHRiMP,MAQ,BFAST,BWA,BOWTIE等进行了单机测试,结果显示:BOW-TIE在对Illumina平台数据进行比对时,在内存使用、比对速度以及准确性等方面表现比其他几种好,BWA比较适合用于比对SOLiD平台产生的数据.在处理第二代以及以纳米孔技术为标志的第三代测序平台高通量数据时,第二代比对技术仍不能完全满足要求,本文认为以云计算为基础的新序列比对方法是未来研究和发展的一个重要方向.
- 杨烨刘娟
