云南省教育厅科研基金(5Y0199B)
- 作品数：3 被引量：44H指数：3
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- 相关机构：云南大学昆明理工大学云南盐化股份有限公司更多>>
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- 相关领域：生物学更多>>
- 昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性被引量：11
- 2007年
- 应用PCR-DGGE和rRNA分析法研究了昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性。样品的细菌DGGE分析得到27条带,古菌得到18条带。样品与纯培养得到的19个属菌株的DGGE图谱对比分析发现,细菌18个属菌株,只有1个属菌株与样品中的1条带迁移位置都不一致;古菌1个属的菌株不与样品中任何条带迁移位置一致。表明纯培养所得菌株并非该环境中的优势类群。同时,建立了样品细菌和古菌的16S rDNA克隆文库,从中分别挑取36个细菌克隆和20个古菌克隆进行ARDRA分析。细菌可分为10个OTUs,其中3个OTUs是优势类群,分别占38.9%,25.0%,16.7%,其余7个OTUs各含有1个克隆。古菌分为8个OTUs,没有明显的优势类群。每个OTU的代表克隆16S rDNA序列分析表明,细菌分属3大类群:α-Proteobacteria,γ-Proteobacteria和Actinobacteria,以Pseudomonas属菌为优势,含有其它岩盐沉积中没有发现的Actinobacteria。古菌主要是Halorubrum属、Haloterrigena属菌和未培养古菌。本研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积具有较丰富的原核生物多样性,含有大量未知的、未培养或不可培养的原核生物,但在原核生物物种组成和丰度上,免培养与此前的纯培养研究结果存在一定差异。因此,结合使用两类方法才能较全面地认识高盐极端环境微生物的多样性。
- 肖炜彭谦刘宏伟文孟良崔晓龙杨亚玲段东成陈维邓岚李沁元陈义光王治刚任禛刘继辉
- 关键词：RDNAPCR-DGGE克隆文库ARDRA原核生物多样性
- 昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌多样性研究被引量：27
- 2006年
- 为了了解昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性，用MBA和ISP2分离和培养了昆明盐矿卤水和盐晶中的细菌44株。发现盐晶中的可培养好氧细胞数量（3．1×10^3～3．7×10^6CFU／g）远远高于卤水中的数量（1．3-6．3×10^3CFU／L）。分离所得纯培养物的16S rDNA序列系统发育分析结果表明，44株菌可分为4大类群34个不同的分类单元（16S rDNA序列相似性大于97％为同一分类单元）。24株属于厚壁菌门（Firmicutes，54．6％），2株属于变形菌门α亚群（α-Proterbacteria，4．6％），4株属于变形菌门γ亚群（γ-Proterbacteria，9．1％），14株属于放线细菌门（Actinobacteria，31．7％）。卤水和盐晶中的优势菌都是Bacillus属菌（26．1％和59．9％）。据16S rDNA序列相似性分析发现7株菌为可能的新种或属。此外，还筛选到7株抗菌活性菌株。研究表明，昆明盐矿古老岩盐沉积中，不仅含有较为丰富的微生物物种多样性，并且存在许多未被认识的新物种和生物活性菌株，为古老岩盐沉积中微生物的深入研究奠定了基础。
- 肖炜杨亚玲刘宏伟文孟良崔晓龙段东成陈维彭谦陈义光邓岚李沁元王治刚任禛徐丽华
- 关键词：可培养细菌多样性古老岩盐沉积
- 高温环境样品总DNA直接和间接提取方法的比较被引量：8
- 2006年
- 分别采用两种环境总DNA直接提取法和一种间接提取法从6种温泉菌席样品中提取总DNA,以DNA粗产物的纯度、能否用于后续PCR扩增及PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)所反映的微生物多样性为评价指标对两类方法进行比较和评价。研究发现,虽然间接提取法效率低下,但对于高温极端环境中生物量较小的样品,间接法能得到有研究价值的、纯度较高的环境样品总DNA,而直接法得到的DNA量小且不适于PCR扩增操作。在使用这2类方法都能得到可用于研究操作的DNA的情况下,间接提取法能更好的体现环境样品中微生物的多样性。
- 刘宏伟彭谦李沁元肖炜崔晓龙林连兵刘志坚姜成林徐丽华陈义光王治刚任禛邓岚文孟良
