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P38促细胞分裂蛋白酶活性抑制剂的分子对接及3D-QSAR研究(英文): 2012年; 运用分子对接方法研究了26个以嘧啶基咪唑环为基底的一系列同源化合物与p38促细胞分裂蛋白酶晶体结构的结合模式。采用比较分子力场分析法(CoMFA)对选取的对接优势构象进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究。建立了3D-QSAR的CoMFA模型,其非交叉验证系数r^2为0.986,交叉验证相关系数q^2为0.755,外部验证的标准偏差(SD为0.13,表明该模型合理、可信,并具有良好的预测能力。有趣的是,配体与活性周围氨基酸残基4个距离之和与其活性之间具有良好的线性关系(R^2=0.752),揭示了配体分子大小及与氨基酸残基结合的紧密程度对化合物的抑制活性起着主要的作用。最后,根据研究总结的规律设计了4个具有潜在高活性的嘧啶基咪唑衍生物。研究结果可为实验工作者合成新药提供理论有意义的理论参考。; 沈勇王源丰吴景恒肖利民; 关键词：3D-QSAR 分子对接

16α取代雌二醇衍生物的三维定量构效关系和分子对接研究被引量：2: 2008年; 采用比较分子力场方法(CoMFA)及分子对接方法对一系列雌二醇衍生物的3D-QSAR及其与受体作用方式进行研究,建立了3D-QSAR的CoMFA模型,获得了化合物的相对亲合力RBA(Relative Binding Affinity)与静电场及立体场分布之间的关系;CoMFA模型的统计学参数为:q^2=0.667,r^2=0.939,SD=0.280,F=49.033,立体场与静电场的贡献分别为56.8%和41.6%。相对亲合力小的化合物一般带有较大的取代基,其对接能量得分较低;相对亲合力大的化合物一般带有较小的取代基,其对接能量得分较高。化合物的对接能量得分和相对亲合力之间有良好的线性关系,其线性相关系数R为0.890。活性口袋周围的环境也与3D-QSAR的立体场分布相匹配。对接结果还显示这类化合物和雌激素的结合主要是通过氢键作用来实现,即3-OH与R394上的氨基以及17-OH与受体残基H524咪唑环上的氮形成的氢键。; 钱力沈勇王亚学郑康成; 关键词：分子对接

卟啉和钌二元体的超快能量转移: 2008年; 采用超快时间分辨的荧光光谱技术测量了一种由柔性链连接的卟啉-钌二元体分子内的能量转移动力学过程.通过在钌的吸收峰（-453 nm）对二元体进行光激发,实验上观测到了从钌基团到卟啉基团的超快能量转移过程（-400ps）.而在卟啉的吸收峰（-400 nm）对二元体进行光激发,实验上没有观测到从卟啉基团到钌基团的能量转移.采用F rster理论对二元体系能量转移过程的产生机理进行了分析,结果表明,钌和卟啉之间的能量转移来源于基于光谱重叠的偶极-偶极相互作用.; 沈涵刘杰陈志峰黄锦汪沈勇王惠计亮年

Direct observation of the ultrafast energy transfer in a porphyrin and ruthenium dyad被引量：1: 2009年; The luminescence dynamics of a polypyridyl ruthenium II [Ru(phen)2(ip)]2+ and 5,10,15,20-tetraphenylporphyrin (H2TPP) dyad have been measured by using time-resolved fluorescence spectroscopy. The transient luminescent spectra of the dyad show an ultrafast energy transfer within 300 ps after photoexcitation of the [Ru(phen)2(ip)]2+ at 453 nm. However, no energy transfer has been observed as the excitation wavelength is 400 nm, corresponding to the absorption peak of H2TPP. The origin of the energy transfer from [Ru(phen)2(ip)]2+ to H2TPP has been analyzed according to the Frster energy-transfer theory.; 沈涵王惠刘杰沈勇黄锦汪计亮年; 关键词：四苯基卟啉时间分辨荧光光谱发光动力学

基于遗传算法的自适应人工神经网络模型结合留—法交叉验证在QSAR分子描述子选择中的应用: 利用遗传算法（GA）实现前向人工神经网络（BP-ANN）网络初始权重的优化及药物定量构效关系（QSAR）的分子描述子的选择。通过引入留一法交叉验证（LOO-CV）作为遗传算法衡量建立ANN模型有效性的方法实现选择较优的描...; 吴景恒梅娟廖思燕陈锦灿沈勇; 关键词：QSAR 遗传算法人工神经网络参数选择; 文献传递

QM/MM自由能微扰法在酶催化高精度能量计算中的应用: ＜正＞量子力学热力学循环微扰（Quantum mechanical Thermodynamic Cycle Perturbation,QTCP）是利用分子力学力场进行相空间取样,并建立一个热力学循环,结合QM/MM与自由...; 沈勇吴景恒吴晓天王亚学温斯翔; 关键词：质子转移; 文献传递

QM/MM-FEP法研究甲胺脱氢酶质子转移反应过程: 采用量子力学热力学循环微扰（Quantum mechanical Thermodynamic Cycle Perturbation,QTCP）计算甲胺脱氢酶质子转移过程的自由能变化。该方法利用分子力学力场进行相空间取样,...; 沈勇吴晓天王亚学梅娟吴景恒; 关键词：质子转移; 文献传递

HRI激酶中血红素轴向配体的DFT法研究: 真核转录起始因子（eIF2a）是细胞遇到紧急状态期间调整蛋白质合成的一个重要的激酶。四种eIF2a激酶之一的heme调节抑制激酶（HRI）,在heme铁缺乏时,能觉察到在结合heme位置的heme铁浓度偏低,从而触发其激...; 梅娟吴景恒沈勇; 关键词：HEME 轴向配体 DFT; 文献传递

3D-QSAR and action mechanism of potential dual inhibitors towards AP-1 and NF-κB: 2009年; QIAN Li LIAO Si-yan MIAO Ti-fang SHEN Yong ZHENG Kang-cheng; 关键词：QSAR AP 三维定量构效关系比较分子力场分析

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国家自然科学基金(90608012)