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小分子非编码RNA与RNA激活: 2013年; 在人类基因转录组序列中，除了编码蛋白质的RNA序列之外，还存在许多小片段的非编码RNA（non．codingRNA）序列。以往曾认为这些序列是基因剪切编辑中产物，其功能意义并不清晰。随着对人类基因组研究以及基因功能研究的深入，对小分子非编码RNA（以下简称小RNA）的功能认识正在逐步加深。; 潘胜利于颖彦; 关键词：非编码RNA RNA序列人类基因组编码蛋白质基因功能转录组

胃癌经典分型在分子分型时代的临床诊断价值被引量：6: 2014年; 胃癌病理组织学分型在胃癌的基础研究与临床诊治中均占有举足轻重的地位。然而，胃癌在基础研究与临床实际应用上使用的分型体系存在不同，不同文献中采用的分型也不尽一致，时而用Lauren分型,时而用WHO分型．给胃癌研究带来一定的困惑。Lauren分型方案从提出至今历经半个世纪考验，仍然显示出其简便、易行且具有一定预后指导意义的优势；WHO分型方案优于Lauren分型方案之处是“与时俱进”，其根据胃癌研究进展而不断加以修订．始终是临床病理诊断中使用的常用方案。随着基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等“组学”研究的开展，对海量研究数据的深入挖掘分析．胃癌的分子分型是当前研究热点。以往依据肿瘤表型特征决定治疗方案的做法极有可能被依据基因变异特征的模式所取代。针对同一种分子变异的基因靶向治疗要比针对同一种组织形态的化学治疗更趋合理。; 于颖彦; 关键词：胃肿瘤组织分型分子分型靶向治疗

我国胃肠道肿瘤生物样本库建设与发展15年回顾被引量：7: 2016年; 肿瘤生物样本库是转化医学研究与精准医学研究的重要基础设施,在欧美等国家倍受重视。纵观我国胃肠道肿瘤生物样本库建设与发展走过的15年历程,在样本库建设形式上经历了最早的项目驱动性科室建设模式,发展到区域生物样本库网络融合模式,再到即将纳入国家重大基础研究设施建设规划模式。在样本库建设内容上,从最初仅收集患者外周血与肿瘤组织模式,至患者体液(血液与尿液)、组织及临床病理学信息同步收集与信息化管理模式。高质量的肿瘤生物样本是支撑我国胃肠道肿瘤研究领域开展国内或者国际重大合作研究项目的材料与信息资源保障。本文详尽介绍了我国胃肠道肿瘤生物样本库建设15年来的经验与存在问题,尤其对研究人员关心的长期低温冻存肿瘤组织生物样本的质量控制问题进行了介绍。; 于颖彦; 关键词：胃肠道肿瘤生物样本库

基因工程化小鼠模型在胃肠道肿瘤研究中的应用: 2014年; 基因敲除技术是以DNA同源重组技术和胚胎干细胞技术为基础．对特定基因位点进行修饰的实验方法，是揭示基因功能最直接的手段之一。小鼠和人的基因相似性达95％。小鼠培育简单、价格便宜、繁殖能力强、生命周期短，适用于疾病发生发展的全过程观察。利用基因操作技术改造小鼠基因便可产生模拟人类基因变异导致的表型效应．可为人类疾病模型的复制及疾病防治研究提供一种有效的实验手段。随着基因操作技术的不断开发与改进．基因工程化小鼠模型在胃癌研究中将扮演更加重要的角色。本文系统介绍了基因工程小鼠模型在胃肠道肿瘤研究中的应用。; 蒋燕南于颖彦; 关键词：基因敲除小鼠模型肿瘤研究

深低温冻存胃癌样本的核酸与蛋白质质量控制研究被引量：8: 2016年; 目的：探索上海市瑞金医院低温冻存0～10年胃癌样本的核酸与蛋白质质量。方法：随机抽取2003年至2014年间库存手术切除胃癌标本24对（共48份）。1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA与RNA纯度及完整性，同时增加了RIN值评估法检测RNA完整性；BCA法检测样本蛋白质浓度，考马斯亮蓝法测定蛋白质分子完整性。结果：将组织标本按冻存年限分成四组（〈2年、3～5年、6～8年和〉9年），各组之间DNA完整性差异无统计学意义（P〉0．05），正常胃组织的DNA降解程度比胃癌组织高（P=0．023）；四组之间的RIN值检测显示，冻存6年以上组的RIN值有明显下降（P=0．018）；各组间的蛋白质浓度无显著性差异，考马斯亮蓝法测定蛋白质分子条带完整性存在显著性差异。冻存〉9年组仅出现少量低分子量条带（平均36．5kD），冻存6～8年组尚有中等分子量（平均65．63kD）条带，冻存3～5年组有高分子量（平均127．5kD）条带，冻存短于2年组仍可见大分子量（平均160kD）条带。结论：长期低温冻存对DNA影响最小，超过5年组RNA和大分子量蛋白质降解较多，但中小分子量蛋白质保存完好。; 张佳年计骏刘炳亚朱正纲傅国辉于颖彦; 关键词：生物样本胃癌核酸蛋白质

大数据生物信息分析促进肿瘤分子靶点的发现被引量：4: 2015年; 高通量组学研究产生的大数据一般具有数据量巨大、数据种类繁多、价值需深入挖掘和处理响应速度快等特征。以人的全基因组DNA双端测序为例，如果以平均30倍覆盖率测序则可产生100 GB的原始数据（压缩FASTQ格式），回帖到基因组后的二进制储存BAM文件格式可达150 GB。基因组测序数据分析中还必需结合临床医学和样本的病理学等信息。此外，医学研究的大数据分析与展示中还需要考虑医学伦理和对患者个人隐私的保护。由于基因组测序成本日趋下降，以Illumina公司最近新推出的X Ten测序仪为例，一个肿瘤样本全基因测序成本约为1万元、全转录组测序（RNA-seq）约为5千元。这些大数据为肿瘤分子靶点的发现提供了机遇，但对大数据的充分挖掘、整合与利用也带来了巨大挑战。本文将介绍高通量组学大数据的基本分析方法、流程，阐述现阶段大数据的生物信息分析促进肿瘤分子靶点的发现的基本方法和应用。; 黄金艳于颖彦; 关键词：肿瘤分子靶点基因组大数据生物信息学

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国家自然科学基金(81172329)