国家自然科学基金(90412015)
- 作品数：33 被引量：141H指数：6
- 相关作者：曹以诚杜正平张珍武董守斌张凌更多>>
- 相关机构：华南理工大学广东工业大学中国电信集团更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划广州市科技攻关项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术轻工技术与工程更多>>
- 肝脏特异性表达载体的构建及Western blotting检测被引量：1
- 2011年
- 研究靶向于肝细胞的组织特异性siRNA,实现siRNA基因治疗的组织特异性,可用于特异性治疗乙肝,突破RNA干扰技术在临床应用的一大障碍。用靶向于EGFP的siRNA(以下简称siEGFP)替代靶向于乙肝病毒保守区的siRNA,构建可以在肝细胞中特异性表达的载体,用来表达siRNA。将目标载体分别转染肝癌细胞HepG2、乳腺癌细胞MDB-MB-231、人胚肾细胞293,在蛋白质水平上检验siRNA抑制的组织特异性。Western blotting结果证实,siEGFP在肝组织来源的细胞系HepG2中抑制效率明显高于其他两组细胞。构建的载体可以在肝癌细胞系中特异性的表达siRNA,而在其他组织细胞中不表达,实现了组织特异性。进一步将siEGFP替换为抑制HBV表达的siRNA,同样可以实现肝脏特异性的表达。
- 张利涛刘慧琳曹以诚
- 关键词：RNAIEGFPWESTERNBLOTTING
- siRNA理性设计原理分析被引量：2
- 2007年
- siRNA作为基因功能研究和临床治疗的重要工具,已经引起了科学界的广泛关注,世界上许多学术和商业机构也开发了相应的siRNA设计程序。近年来,随着对siRNA机制研究的不断深入,尤其是2004年Reynolds等提出siRNA理性设计规则之后,许多新的理论极大地推动了siRNA设计程序的发展。本文就siRNA设计程序所普遍考虑的设计原理,从基本经验规则、siRNA序列特征、靶mRNA的可接近性、热动力学特征以及特异性检验方法等5个方面进行了分析和论述,为国内科研机构开发自己的siRNA设计程序提供思路和方法。
- 方翔曹以诚杜正平郭旭卓敏
- 关键词：SIRNA热动力学特异性
- 基于集中式带宽代理的区分服务网络接纳控制被引量：2
- 2006年
- 基于集中式带宽代理(BB)的接纳控制是区分服务网络提供端到端服务质量(QoS)保证的有效手段.文中针对目前带宽代理不能有效地支持端到端的QoS信令、难以解决重路由时的状态管理和拥塞控制的问题,设计了一种基于集中式带宽代理的接纳控制方案,给出了QoS状态信息库的定义及相应的接纳控制和状态管理算法,提出了重路由时的状态管理和拥塞控制策略,最后采用网络仿真软件NS-2对方案的有效性进行了验证.
- 黄程波张凌周杰
- 关键词：服务质量带宽代理接纳控制资源预留
- 高纯度质粒DNA规模化生产流程的建立和改进被引量：1
- 2008年
- 通过对质粒提取过程进行分析,探讨质粒提取过程中的影响因素,分析影响质粒质量的因素,以及优化提取工艺流程,并建立质控标准来控制质粒提取过程中带来质量和数量损失,从而制备出高纯度的质粒DNA。温度诱导可以增加质粒DNA的产量,在大肠杆菌对数生长中期进行温度诱导,从37～43℃,每间隔1℃度进行诱导,结果表明经42℃诱导12h,质粒DNA的产量可以增加66%以上,为降低成本,大规模生产重组质粒提供良好保障。另外对碱裂解粗提质粒的方法和流程进行改进,采取LiCl去除细胞碎片和杂蛋白;PEG8000沉淀质粒DNA从而去除经RNAase消化的RNA;之后利用少量的酚氯仿混合液去除蛋白质;不仅蛋白质,RNA去除干净,而且在实验时间安排上以及试剂使用量上进行控制,达到了贵重试剂使用量少,去除杂质干净的效果,更为后续的精提做好准备。利用凝胶层析,亲和层析,阴离子交换层析依次去除残余在质粒DNA中的蛋白质、RNA、非超螺旋DNA以及内毒素,达到了制备高纯度质粒DNA要求,并且达到了可以在动物实验中进行转染的质量要求。
- 李刚刚刘耘曹以诚
- 关键词：纯化
- 靶向TTF-1的siRNA腺相关病毒载体组装验证
- 2012年
- 为了解决靶向TTF-1的siRNA导入肺腺癌细胞的问题,设计了3条靶向NCI-H1975细胞TTF-1基因的siRNA,并将其分别构建到腺相关病毒上.在293细胞中装配病毒,收获病毒原初液后进行超滤浓缩、层析柱纯化,测定病毒滴度.重组病毒感染肺腺癌细胞系NCI-H1975,通过Western-Blot实验检测siRNA效果,利用凋亡实验验证细胞生物学效应.Western-Blot实验测得siRNA有较好的干扰效果,凋亡实验测得肺腺癌细胞NCI-H1975产生了凋亡,从而证明具有感染性的靶向TTF-1的siRNA腺相关病毒载体组装成功.
- 高强曹以诚杨磊
- 关键词：TTF-1腺相关病毒小分子干扰RNA
- 乙型肝炎多表位DNA疫苗的发展趋势
- 2006年
- 乙型肝炎多表位DNA疫苗(epitopeDNAvaccine,minigenes/epigenes)是指多个表位(包括T细胞、B细胞等表位)经过优化组合,以能产生高效的细胞、体液免疫应答进而清除HBV病毒为目的而得到的新型乙肝疫苗。该文介绍近年来国内外在乙型肝炎多表位DNA疫苗方面的发展趋势。
- 陶嫦立曹以诚
- 关键词：乙型肝炎多表位基因DNA疫苗
- 文本分类的性能评估指标被引量：8
- 2007年
- 在信息检索领域,查全率与查准率是一对相互制约的指标。为了研究文本分类领域查全率和查准率的关系,在此从理论和实验两方面分析查全率及测试集对查准率的影响。理论分析与实验结果一致得出,在文本分类中查全率和查准率是两个一致的指标。另外,在查全率确定的情况下,测试集中各类别文档比例的变化也会导致查准率的变化。
- 张启蕊董守斌张凌
- 关键词：文本分类查准率查全率测试集
- Rspo1-EGFP重组腺相关病毒载体的构建
- 2009年
- 本文通过构建携带Rspo1-EGFP融合基因的重组腺相关病毒载体,包装出含有目标基因的重组腺相关病毒。首先利用PCR从cDNA文库中把Rspo1基因扩增出来,插入到pcDNA6-EGFP中EGFP的上游形成融合基因Rspo1-EGFP。采用AAVHelper-free包装系统,将融合基因用PCR方法从质粒pcDNA6-Rspo1-EGFP上扩增出来,亚克隆到AAV表达质粒pAAV-MCS多克隆位点中,构建出重组质粒pAAV-Rspo1-EGFP。重组质粒与包装质粒pAAV-RC和辅助质粒pHelper磷酸钙法共转染AAV-293细胞制备重组病毒rAAV-Rspo1-EGFP。重组病毒感染AAV-HT1080细胞,荧光显微镜检测病毒介导的目标基因表达,流式细胞技术测定病毒滴度。结果:酶切鉴定和测序确定重组病毒载体pAAV-Rspo1-EGFP构建成功。病毒感染的细胞中检测到绿色荧光,表明重组病毒包装成功并介导融合基因在宿主细胞里表达,病毒滴度达107VP/mL。本研究成功包装出具有侵染性的重组腺相关病毒AAV-Rspo1-EGFP,为今后利用腺相关病毒载体进行Rspo1相关的体内体外研究提供了实验基础。
- 杜淑敏曹以诚李新建
- 关键词：R-SPONDIN增强型绿色荧光蛋白腺相关病毒流式细胞技术
- 基于免疫算法的文本分类研究被引量：6
- 2007年
- 借鉴免疫的生物学机理,本文提出了一种基于抗体浓度的克隆选择算法,该算法中抗体的选择概率由亲和度与浓度共同决定,具有高亲和度和低浓度的抗体才受到促进。该算法在文本分类领域得到了成功应用。在文本分类的应用中,抗原、B细胞和抗体分别对应训练文本、分类器的一个解和分类器的解与训练文本的亲和度,最后训练完成的分类器含有多个记忆细胞,有效保证了解的多样性。在数据集20_newsgroups上的实验结果显示,该方法的综合性能指标F1可达80.90%,优于Rocchio法与Naive Bayes法。
- 张启蕊张凌董守斌谭景华
- 关键词：文本分类免疫克隆选择
- 结核分枝杆菌融合抗原Ag85B-ESAT6真核表达载体的构建及鉴定被引量：1
- 2006年
- 以结核分枝杆菌H37Rv株的基因组作为模板,将Ag85B和ESAT6编码基因进行PCR扩增,然后采用基因剪接重叠扩增PCR法(gene SOEing)将其通过疏水甘氨酸接头(GGIGIAPG)连接融合,定向克隆至质粒Pvax1中,构建结核分枝杆菌Ag85B-ESAT6融合抗原的真核表达质粒Pvax1/AE.经单双限制性内切酶图谱、PCR产物及DNA测序分析等多种方法鉴定,证实Pvax1/AE真核表达质粒构建成功.为进一步研究其结核核酸疫苗原型的免疫保护效果奠定了基础.
- 程春明曹以诚杜正平杨化强郭旭方翔张珍武
- 关键词：AG85BESAT6融合基因核酸疫苗
