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王翼飞
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- 所属机构:中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所
- 所在地区:上海市
- 研究方向:理学
- 发文基金:国家自然科学基金
相关作者
- 彭新俊

- 作品数:26被引量:61H指数:4
- 供职机构:上海师范大学数理信息学院数学与应用数学系
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- 冯铁男

- 作品数:11被引量:12H指数:2
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- 研究主题:蛋白质相互作用 信噪比 离散小波变换 小波 蛋白质相互作用网络
- 周文

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- 史定华

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- 忻健

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- 基于信噪比的蛋白质相互作用的预测被引量:4
- 2008年
- 蛋白质间的相互作用在生命体中扮演着关键的角色.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质间的相互作用,并改用信噪比为判别参数.此判别参数与之前的判别参数——峰值相比,在保证较高预测精度的基础上,还可以很好地区分阳性数据和随机数据,从而也就能较好地处理过度拟合的问题.
- 冯铁男江浩王翼飞
- 关键词:离散小波变换酵母蛋白质信噪比
- 双模糊渐进直推式支持向量机算法被引量:10
- 2009年
- 直推式支持向量机(TSVM)是支持向量机与直推式学习相结合的重要算法.文中为TSVM中的临时标签样本引入双模糊隶属度以及样本修剪策略,构建一种双模糊渐进直推式支持向量机(BFPTSVM)算法.该算法可有效降低TSVM的计算复杂度及核存储量.模拟实验表明该算法可取得比其他算法更好的分类性能,并且具有较快的收敛速度.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词:直推式学习
- 基于残基序列信息的蛋白质相互作用位点预测(英文)被引量:2
- 2008年
- 蛋白质相互作用位点在细胞进程中有着非常重要的作用.尽管利用高通量方法发现蛋白质相互作用位点取得很大的成功,仍需要计算方法辅助预测实验中的相互作用位点.本文提出了基于残基序列谱、进化率和疏水性的预测异源蛋白质复合物作用位点的两种向量表示方法并以支持向量机实现预测.其中,提出新的向量表示法取得更好的预测性能.文中的数据集由66个异源复合物蛋白质链组成.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词:支持向量机疏水性向量表示
- 二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用被引量:5
- 2010年
- 隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果.
- 高松秦殿刚冯铁男马成荣王翼飞
- DC-CLUSTER软件的设计与开发
- 2008年
- 目前,基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一,引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列,由于它荷载了成千上万个DNA片段,可用于高通量的生物学检测,其开发和利用已进入商业化阶段,而其信息处理和信息挖掘更受关注。本文介绍了基因芯片分析中聚类分析软件的设计与实现过程,并对软件系统结构、功能模块、关键技术进行了阐述。该软件能完成基因芯片分析中聚类分析工作。它的开发为从事基因芯片分析的研究人员提供了有效的数据处理和分析工具。
- 李冯沈称意王翼飞
- 关键词:生物信息学基因芯片聚类分析差异基因
- 蛋白质折叠的计算机模拟被引量:24
- 2000年
- 介绍了计算机模拟蛋白质折叠问题的背景、模型和意义 .在对模型问题采用 Monte- Carlo方法和单纯遗传算法得到能量最小构象的基础上 ,提出了适用的混合遗传算法 ,并通过计算机模拟试验对三种方法作了比较 .计算结果表明 ,对于蛋白质折叠的二维晶格模型而言 ,混合遗传算法优于通常的 Monte-
- 解伟王翼飞
- 关键词:蛋白质折叠遗传算法计算机模拟
- 神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用被引量:27
- 2003年
- 本文简要介绍了蛋白质二级结构预测的研究意义 ,简要地叙述了BP网络的原理 ,并且对于近年来用神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的主要工作进展做了较为详细的评述 .最后 ,介绍了人工神经网络在生物信息学中的应用前景 .
- 朱伟史定华王翼飞
- 关键词:人工神经网络蛋白质生物信息学分子结构
- 混合高阶隐马氏模型的EM算法被引量:2
- 2013年
- 提出了一类混合高阶隐马氏模型.基于模型降阶法,通过Hadar等价变换方法将混合高阶隐马氏模型分别转换为与之等价的两个混合一阶隐马氏模型,然后利用混合一阶隐马氏模型的EM算法建立了混合高阶隐马氏模型的EM算法,给出了混合高阶隐马氏模型的参数重估公式,并使用一阶隐马氏模型的标准技术来计算这些参数重估公式.该研究推广了Rabiner,Hadar和杜世平等人的结果.
- 叶飞王翼飞
- 关键词:EM算法
- GenExtractor:一个基于Web的生物信息挖掘系统被引量:2
- 2005年
- GenExtractor是一个新的基于Web的生物信息挖掘系统,该系统通过Internet对网上生物学数据库中的生物序列数据和基因表达数据进行挖掘,在指定的人染色体区域内搜寻具有特定功能的基因.该系统可为分子生物学家寻找候选基因、收集相关信息等提供有效帮助.通过对人DNA修复基因的查寻,验证了该系统的实用效果.
- 忻健陆巍朱景德王翼飞
- 关键词:WEB生物学数据库文本分类向量空间模型
- 蛋白质折叠的三维计算机模拟被引量:14
- 2000年
- 介绍了计算机模拟蛋白质的三维模型.利用混合遗传算法对模型问题进行了模拟计算,获得了由27个氨基酸残基组成的肽链的能量最小的折叠构象.计算结果表明,对于蛋白质折叠的三维晶格模型而言,混合遗传算法是很有效的.
- 解伟王翼飞
- 关键词:混合遗传算法