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TrG2P:A transfer-learning-based tool integrating multi-trait data for accurate prediction of crop yield
2024年
Yield prediction is the primary goal of genomic selection(GS)-assisted crop breeding.Because yield is a complex quantitative trait,making predictions from genotypic data is challenging.Transfer learning can produce an effective model for a target task by leveraging knowledge from a different,but related,source domain and is considered a great potential method for improving yield prediction by integrating multi-trait data.However,it has not previously been applied to genotype-to-phenotype prediction owing to the lack of an efficient implementation framework.We therefore developed TrG2P,a transfer-learning-based framework.TrG2P first employs convolutional neural networks(CNN)to train models using non-yield-trait phenotypic and genotypic data,thus obtaining pre-trained models.Subsequently,the convolutional layer parameters from these pre-trained models are transferred to the yield prediction task,and the fully connected layers are retrained,thus obtaining fine-tuned models.Finally,the convolutional layer and the first fully connected layer of the fine-tuned models are fused,and the last fully connected layer is trained to enhance prediction performance.We applied TrG2P to five sets of genotypic and phenotypic data from maize(Zea mays),rice(Oryza sativa),and wheat(Triticum aestivum)and compared its model precision to that of seven other popular GS tools:ridge regression best linear unbiased prediction(rrBLUP),random forest,support vector regression,light gradient boosting machine(LightGBM),CNN,DeepGS,and deep neural network for genomic prediction(DNNGP).TrG2P improved the accuracy of yield prediction by 39.9%,6.8%,and 1.8%in rice,maize,and wheat,respectively,compared with predictions generated by the best-performing comparison model.Our work therefore demonstrates that transfer learning is an effective strategy for improving yield prediction by integrating information from non-yield-trait data.We attribute its enhanced prediction accuracy to the valuable information available from traits associated with yield and to
Jinlong LiDongfeng ZhangFeng YangQiusi ZhangShouhui PanXiangyu ZhaoQi ZhangYanyun HanJinliang YangKaiyi WangChunjiang Zhao
关键词:CROP
一株植物乳植杆菌TRG22及其在发酵转化人参皂苷Rg1制备稀有人参皂苷中的用途
一株植物乳植杆菌(Lactiplantibacillusplantarum)TRG22及其在发酵转化人参皂苷Rg1制备稀有人参皂苷中的用途,属于益生菌发酵领域,本发明的植物乳植杆菌TRG22已于2023年10月23日保藏...
李盛钰高岩松杨舸康优赵子健赵玉娟高磊
一株植物乳植杆菌TRG22及其在发酵转化人参皂苷Rg1制备稀有人参皂苷中的用途
一株植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)TRG22及其在发酵转化人参皂苷Rg1制备稀有人参皂苷中的用途,属于益生菌发酵领域,本发明的植物乳植杆菌TRG22已于2023年10月23日保...
李盛钰高岩松杨舸康优赵子健赵玉娟高磊
m6A识别蛋白HuR调控lncRNA TRG-AS1抑制结直肠癌生长的机制研究被引量:1
2023年
目的 探讨N6-甲基腺苷(m6A)识别蛋白人类抗原R(HuR)调控长链非编码RNA T细胞受体γ位点反义RNA 1(lncRNA TRG-AS1)对结直肠癌(CRC)生长的影响。方法 比色法检测CRC患者的癌组织、癌旁组织及正常结肠上皮细胞NCM460及CRC细胞HCT116、SW480、LOVO中m6A含量;实时荧光定量PCR(qPCR)检测TRG-AS1表达;Western blot检测HuR蛋白表达。将HCT116细胞分为Ct组、OE-NC组、OE-HuR组、si-NC组、si-HuR组、siHuR+pcDNA组、si-HuR+pcDNA-TRG-AS1组,CCK-8法检测细胞增殖;平板克隆实验检测细胞克隆形成能力;流式细胞术检测细胞凋亡率;划痕愈合实验检测细胞迁移;Transwell检测细胞侵袭;裸鼠体内移植瘤实验观察肿瘤生长情况;采用甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP)检测TRG-AS1上是否存在m6A位点;RNA pull-down实验和RNA免疫共沉淀(RIP)检测TRG-AS1与HuR蛋白的相互作用。结果 在CRC组织和细胞中,HuR蛋白、TRG-AS1高表达,m6A含量降低,且在HCT116细胞中HuR蛋白、TRG-AS1表达最高,m6A含量最低(P<0.05),选择HCT116细胞为研究对象。与si-NC组比较,si-HuR组HuR蛋白、TRG-AS1表达降低,m6A含量升高(P<0.05);与OE-NC组比较,OE-HuR组HuR蛋白、TRG-AS1表达升高,m6A含量降低(P<0.05);与si-HuR组、si-HuR+pcDNA组比较,si-HuR+pcDNATRG-AS1组HuR蛋白、m6A含量变化差异无统计学意义,TRG-AS1表达升高(P<0.05);下调HuR可抑制HCT116细胞增殖、迁移、侵袭及体内移植瘤的生长,促进细胞凋亡,而上调HuR则呈相反趋势;过表达TRG-AS1减弱了沉默HuR对HCT116细胞增殖、划痕愈合率、侵袭、体内移植瘤生长的抑制作用以及对细胞凋亡的促进作用;TRG-AS1上存在m6A位点,且TRG-AS1能与HuR蛋白相互作用。结论 沉默m6A识别蛋白HuR可通过抑制TRG-AS1表达进而抑制HCT116细胞增殖、迁移与侵袭,促进细胞凋亡。
柴小兵张利褚菲菲吴慧丽
基于改进TRG方法的管内零散货物快运列车开行方案研究
2022年
针对管内零散货物快运列车开行方案问题,分析运输组织模式,在货物运到期限、车站服务等约束的基础上,考虑区间通过能力、车站接发列车能力、中转作业能力3种约束,构建上层目标为管内零散货物快运运营成本最小、下层目标为大货流OD服务频率最大的列车开行方案双层规划模型。设计基于节点并入判断的改进列车径路组合生成方法,结合单亲遗传算法求解模型。以南昌局路网为参照构建管内零散快运网络进行算例分析,验证了模型和算法的有效性。研究结果表明,该算法具有较高的求解效率,得到的列车开行方案不仅具有较小的运营成本,而且在大货流OD上具备较好的运输稳定性。
易晨阳查伟雄李剑张清雅石俊刚
关键词:列车开行方案双层规划模型单亲遗传算法
一次性使用体腔热灌注治疗管道组件(BR-TRG-V型)的药物相容性和邻苯二甲酸二(2-乙基)己酯(DEHP)溶出量测定研究
2022年
目的:通过对一次性使用体腔热灌注治疗管道组件(BR-TRG-V型)与不同类型药物的相容和邻苯二甲酸二(2-乙基)己酯(DEHP)溶出试验研究,为BR-TRG-V型管道的临床应用提供安全性依据。方法:试验选取三种化疗药物(紫杉醇、奥沙利铂、氟尿嘧啶),通过模拟临床使用的条件,检测上述药液流经BR-TRG-V型管道后药物含量、pH值、有关物质、不溶性微粒、澄清度和颜色变化以及DEHP溶出情况。结果:三种药物通过BR-TRG-V型管道后,其药物含量、pH值、有关物质、不溶性微粒、澄清度和颜色变化无统计学差异(P>0.05)。紫杉醇和乙醇溶液作为浸提介质DEHP溶出量分别为(1.83±0.06)μg/mL、(6.10±0.30)μg/mL;奥沙利铂、氟尿嘧啶、盐酸和氢氧化钠溶液未检测出。结论:BR-TRG-V型管道的药物相容性良好,DEHP在紫杉醇和乙醇溶液中有少量溶出,但都在安全范围内,临床应用是安全的。
阮强王进唐鸿生关天培王佳泓方润娅黄狄文
LncRNA TRG-AS1靶向miR-4500调控BACH1通过糖酵解途径促进肝细胞癌进展的作用机制研究
背景:肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)是最常见的肝原发性肿瘤,其发病率居全球常见恶性肿瘤的第5位,病死率居第3位。近年来,由于饮食及生活环境的改变,我国HCC的发病率呈现出明显的增长趋势...
孙学虎
关键词:肝细胞癌
路灯灯头(TRG2201)
1.本外观设计产品的名称:路灯灯头(TRG2201)。;2.本外观设计产品的用途:用于户外照明。;3.本外观设计产品的设计要点:在于形状。;4.最能表明设计要点的图片或照片:立体图。
张猛
一种TRG1筛选机
本实用新型公开了一种TRG1筛选机,包括机架以及设置于所述机架上的主流道组件,该TRG1筛选机还包括:产品上料组件、测跟踪组件、综合测试组件、压料组件、下料组件;所述产品上料组件、测跟踪组件、综合测试组件呈一字纵向设置于...
侯文棋徐凯锋吴君
文献传递
镰刀菌TRG1_5次级代谢全局调控因子VeA对抗肿瘤活性的影响
内生真菌因特殊的生态位,具有产结构新颖、活性优越的抗肿瘤活性物质的潜力,是筛选新型抗肿瘤药物的理想对像。然而,植物内生真菌产活性化合物含量极低且稳定性差。全局调控因子VeA保守调控丝状真菌次级代谢产物的生物合成,课题组前...
秦敏
关键词:转录组

相关作者

查伟雄
作品数:80被引量:411H指数:10
供职机构:华东交通大学
研究主题:铁路运输 旅客列车 列车编组计划 铁道运输 列车运行调整
王卉
作品数:18被引量:9H指数:2
供职机构:湖南师范大学
研究主题:果蝇 老龄 心脏功能 健身 L3
周国良
作品数:5被引量:17H指数:4
供职机构:中国石油天然气集团公司
研究主题:屏蔽泵 仪表 TRG 故障判断 在线监测
龚国勇
作品数:14被引量:141H指数:5
供职机构:玉林师范学院数学与计算机科学系
研究主题:GDP 误差修正模型 GDP增长 数学 社会消费品零售总额
律娜
作品数:50被引量:135H指数:7
供职机构:中国科学院微生物研究所
研究主题:引物 诺如病毒 GI DNA分子 信息提供