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千里香杂合度PCR-RFLP快速评估方法的建立
2024年
目的:建立一种快速评估千里香种质材料杂合度的方法,为制定千里香的优异种质繁育策略和促进种质创新提供依据。方法:以65株千里香重测序数据为基础,检测并筛选单核苷酸多态性(SNPs),利用其中20个SNP位点,通过自编脚本将其转化为限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)标记;采用聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)法对12份千里香种质的20个RFLP标记进行检测,根据RFLP标记位点酶切片段数目计算千里香种质的杂合度;采用plink软件计算12份千里香种质的全基因组杂合度,并比较不同种质杂合度评估方法得到的结果。结果:PCR-RFLP法和基因组重测序法计算的杂合度间差异无统计学意义。利用PCR-RFLP法筛选获得了8份杂合度<30%的种质材料,利用基因组重测序法筛选获得9份杂合度<30%的种质材料,2种方法计算杂合度均<30%的种质材料共7份。结论:该文建立了千里香种质杂合度评估的PCR-RFLP法,其精确度为87.5%,准确率为77.8%,该法可为其他药用植物种质杂合度评估方法研究提供借鉴。
王博铖陈梓媛华中一田慧谢文波袁媛
关键词:杂合度
PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母
2024年
目的建立PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母。方法对比两者叶绿体ycfl基因,选择湖北贝母的特异性酶切位点EcoRI设计引物,优化反应条件,并进行方法学考察。结果退火温度58℃、循环数35时,湖北贝母或掺有湖北贝母的浙贝母经特异性引物扩增后能被EcoRI酶酶切,200~400bp处检出2条单一DNA条带,而浙贝母无此条带,检出限达3%。结论该方法方便快捷、灵敏度高,可用于浙贝母、湖北贝母及前者掺混后者的快速检测,为浙贝母质量控制提供参考。
李莉陈军朱洁陈志禹孙胡琳
关键词:浙贝母湖北贝母PCR-RFLP
基于聚合酶链式反应⁃限制性内切酶长度多态性方法鉴别鹿角(马鹿)药材及其配方颗粒
2024年
鹿角为鹿科马鹿Cervus elaphus或梅花鹿C.nippon已骨化的角或锯茸后翌年春季脱落的角基。目前市场上鹿角基原混杂,为快速准确地鉴别鹿角多基原及混伪品,研究通过比较马鹿、梅花鹿及其混伪品线粒体条形码Cytb基因序列差异,筛选获得鹿角的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计鹿角特异性鉴别引物dishmy⁃F及dishmy⁃R,分别采集鹿角及其混伪品,建立鹿角配方颗粒特异性PCR鉴别方法并优化PCR反应体系,对影响该方法重复性的Taq酶种类、PCR仪型号进行耐受性和适用性考察,再使用限制性内切酶MseⅠ对梅花鹿与马鹿的扩增产物进行酶切。结果显示,当退火温度为56℃,循环次数为35时,鹿角药材、标准汤剂及其配方颗粒经PCR反应及凝胶电泳后,马鹿可在近100 bp处观察到单一明亮的特异性鉴别条带,且马鹿的条带较梅花鹿短约60 bp,而其他混伪品如驼鹿、驯鹿、白尾鹿、黑尾鹿、狍子、白唇鹿等及阴性对照均无条带。该研究建立的PCR⁃RFLP方法可快速准确的鉴别出鹿角药材、标准汤剂和配方颗粒中的马鹿成分,并可区分梅花鹿和其他混伪品,同时为其他中药配方颗粒质量标准研究提供了理论依据。
周海琴海丰胡剑虹李松陈盛君张开雪程梦娟
关键词:鹿角分子鉴别
香加皮与五加皮、地骨皮的PCR-RFLP鉴别
2024年
目的:建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法快速鉴别香加皮与其混淆品五加皮、地骨皮,避免因基原混乱影响用药安全。方法:从CGIR数据库获取的香加皮DSS标记序列,对香加皮DSS序列进行酶切位点分析,筛选香加皮与五加皮、地骨皮间差异位点,选择香加皮的特异性酶切位点Cla I,设计PCR-RFLP反应引物,对影响PCR-RFLP反应的退火温度、循环数、Taq酶、不同型号PCR仪、酶切时间等条件进行考察。利用建立的PCR-RFLP鉴别方法对不同产地香加皮与五加皮、地骨皮进行适用性考察。结果:在退火温度59℃、循环数为40个时,香加皮与五加皮、地骨皮样品经过特异性引物进行PCR扩增后,可出现清晰明亮的片段,酶切时间30 min,香加皮药材及其基原物种均可产生约140 bp和290 bp的目的片段,而2种混淆品五加皮和地骨皮药材及其基原物种只在250~500 bp有一条约430 bp的目的片段。该方法能对香加皮及其混淆品五加皮、地骨皮进行准确鉴别。结论:建立了香加皮与五加皮、地骨皮的PCR-RFLP鉴别方法,稳定性好、灵敏度高、适用性好,为香加皮与五加皮、地骨皮的质量控制提供参考。
刁晓微刘亚男金艳蒋超赵玉洋袁媛
关键词:香加皮五加皮地骨皮分子鉴定
基于DNA条形码和PCR-RFLP技术的进口紫草ITS2序列特征研究
2024年
目的:基于DNA条形码和PCR-RFLP技术研究进口紫草ITS2序列的特征,为市场紫草药材和饮片的质量控制与真伪鉴别提供参考依据。方法:选用ITS2区域作为对进口紫草和紫草对照药材进行比较、鉴定的DNA条形码序列,并基于DNA条形码和PCR-RFLP技术比较不同来源进口紫草的ITS2序列与紫草对照药材的异同。结果:39份进口紫草样品经限制性内切酶AluI酶切后,其产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,仅DH3在500 bp左右有条带,而在100~300 bp无条带,其余样品均在100~300 bp有2条或3条明显条带;进口紫草样品与紫草对照药材的ITS2序列进行比对,其中样品DH3与紫草对照药材的碱基差异最多,有15个碱基差异,样品F2与紫草对照药材的ITS2序列一致,其他进口紫草样品与紫草对照药材的碱基差异为1~9个碱基;从聚类结果中可以看出进口紫草样品DH3与其他进口紫草样品和紫草对照药材均明显区分,独自为一枝,而与紫草对照药材共同聚为一枝且支持率≥50%的样品共有14个。结论:选用ITS2区域,基于DNA条形码和PCR-RFLP技术,比较了进口紫草与紫草对照药材ITS2序列的异同,为紫草药材及饮片的有效鉴定提供参考依据,为紫草药材的市场监管提供有力保障。
刘杰戴胜云谷海媛乔菲连超杰过立农郑健马双成米加
关键词:DNA条形码限制性内切酶
一种羊源贾第虫PCR-RFLP基因分型方法
本发明公开了一种羊源贾第虫PCR‑RFLP基因分型方法,该方法包括巢式PCR检测引物、特异性内切酶及其反应条件;引物根据十二指肠贾第虫β‑贾第素(beta‑giardin,bg)基因序列设计,引物序列分别如SEQ ID ...
余新刚王红彩张浩吉穆宣儒袁凯健李奕龙许辉
区分短肠重盘吸虫和日本重盘吸虫的PCR-RFLP引物及方法
本发明涉及一种区分短肠重盘吸虫和日本重盘吸虫的PCR‑RFLP引物及方法,包括因组DNA提取、通用引物设计、PCR扩增、BstUI限制性内切酶酶切反应和带谱分析。利用通用引物进行PCR扩增两种吸虫的核糖体内转录间隔区基因...
高俊峰侯美如梁梦婷陈滢钰张馨慧李犇孙云异安琪邱鸿宇刘雪薇王春仁
一种用于鉴别非洲猪瘟病毒基因I型和II型的PCR-RFLP方法
本发明公开了一种用于鉴别非洲猪瘟病毒基因I型和II型的PCR‑RFLP方法,通过先进行PCR扩增,再对PCR扩增产物进行BmgB I酶切,酶切产物进行电泳,然后进行RFLP分析,若结果为2226bp或2227bp的1个片...
孙仁杰谢荣辉赵灵燕张传亮张红丽杨永乐吴贇竑吴雪军王雅婷冯肖肖黄靖孙冰冰郑方宇
肺炎链球菌I型甲基化修饰系统的六种相性亚型的PCR-RFLP鉴别方法
本发明公开了肺炎链球菌I型甲基化修饰系统的六种相性亚型的PCR‑RFLP鉴别方法,涉及生物技术领域。该PCR‑RFLP鉴别方法通过利用核苷酸序列如SEQ ID No:1~4所示的引物对含肺炎链球菌基因组的样本进行PCR扩...
张莹丹孙云柯杨亮鲍燕敏王菁刘梓豪
一种区别鸭3型甲肝病毒弱毒疫苗株和野毒株的PCR-RFLP方法及其试剂盒
本发明公开一种区别鸭3型甲肝病毒弱毒疫苗株和野毒株的PCR‑RFLP方法及其试剂盒。所述方法包括以下步骤:1)提取待检病毒的核酸RNA;2)用引物DHAV3‑F和DHAV3‑R对提取的核酸RNA进行RT‑PCR扩增,得到...
傅秋玲黄瑜万春和傅光华施少华程龙飞陈红梅刘荣昌