搜索到12203篇“ 蛋白质相互作用网络“的相关文章
- 基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法
- 本发明公开了一种基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法，包括：获取两个生物网络的数据及序列相似性文件，节点i、节点j分别属于两个网络，考虑节点本身以及邻居节点的拓扑特征计算节点对(i,j)间的拓扑相似性得分T(i,...
- 陈璟田盼盼
- 加权蛋白质相互作用网络的重构方法、蛋白质复合物的预测方法
- 本发明提供了一种加权蛋白质相互作用网络的重构方法以及蛋白质复合物的预测方法。加权蛋白质相互作用网络的重构方法包括：步骤S1：检查给定加权蛋白质相互作用网络的链路权重矩阵的权重一致性指标；步骤S2：保持原加权蛋白质相互作用...
- 曹志威郝璐张毅超朱海周琛朱文烨张师海杨玥马春辉
- 基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块
- 2024年
- 细胞生物过程具有时序动态性,蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别,本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络;利用子块矩阵特殊性,分析时空复杂度和并行性;优化设计马尔可夫聚类算法,以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块。为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程,本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积。实验结果表明,与已有同类算法相比,所设计算法识别的蛋白质功能模块,统计匹配质量更高且精确匹配数量更多。
- 张锦雄潘扬健孟雪莉唐伊红巴依提力·努尔旦艾力王鑫左振文陈清华郭顶亮韦冰冰陈陆坤
- 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用
- 蛋白质相互作用网络的对齐方法
- 本发明公开了一种蛋白质相互作用网络的对齐方法，包括获取待对齐的蛋白质相互作用网络；对蛋白质相互作用网络进行图嵌入得到每个节点的拓扑向量；计算网络中每个节点的拓扑相似分数；计算每两个蛋白质节点之间的生物相似分数；计算得到相...
- 高建良田玲吕腾飞
- 基于蛋白质相互作用网络的肺癌骨转移基因识别方法
- 2023年
- 肿瘤转移通常发生在癌症晚期,是一个复杂且致命的过程,发现与肿瘤转移相关的基因对肿瘤的治疗和预后有着至关重要的作用。通过计算方法发现肿瘤转移基因,相对于昂贵且耗时的生物学方更加高效。基于蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIN),论文提出了一种结合随机游动重启(RWR)算法的模型来识别肺癌骨转移相关基因。此外,通过置换检验规则、交互得分规则和富集分析三种方法对基因进一步筛选,最终获得了12个与肺癌骨转移有关的关键基因。文献挖掘的结果证明大部分基因直接或间接参与了肺癌骨转移过程,验证了该计算方法的有效性。这一项工作有望为肿瘤转移的临床试验提供靶标基因。
- 杨天濠王新赠
- 关键词：肿瘤细胞转移肺癌骨转移蛋白质相互作用网络
- 癌症进展过程中的动态蛋白质相互作用网络模型构建及其应用研究
- 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)在体内形成复杂的网络,并以高度动态的方式协调生物系统的多种功能。研究表明PPI的扰动是导致癌症的主要原因之一,因此如何从癌症发生和进展过程中识别受到扰动的关键PPI极为重要。现有的静态PP...
- 刘兴义
- 关键词：淋巴结转移癌症分期
- 一种蛋白质相互作用网络比对方法和系统
- 本发明涉及一种蛋白质相互作用网络比对方法和系统，方法包括：获取两个蛋白质相互作用网络的结构信息；提取每个网络中所有节点的分层结构特征，并基于分层结构特征计算节点间的结构得分；基于结构得分构造多层的加权图，使每个节点在加权...
- 陈璟王子祥任利军
- 福鼎大白茶蛋白质相互作用网络研究被引量：1
- 2022年
- 蛋白质相互作用网络的构建可以为探究茶树生长过程中的关键蛋白并预测其功能提供理论参考。以贵州都匀地区福鼎大白茶为研究对象,利用三代Nanopore测序技术和同源比对方法构建福鼎大白茶根、茎、叶差异基因蛋白质相互作用网络,通过网络进一步预测关键蛋白及其功能。结果表明,叶与根、叶与茎、茎与根和根茎叶差异基因蛋白质相互作用网络中的关键蛋白分别为53、39、42和53个,并且预测出了关键蛋白的功能,如TEA003744的功能可能为腺苷酸激酶活性、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性和ATP结合,参与光合作用和蛋白质磷酸化过程;TEA026776可能为发育蛋白,参与细胞分化过程和蛋白质磷酸化过程,还具有ATP结合活性和蛋白激酶活性;TEA019056的功能可能为ATP结合、GTP结合和GTP酶活性,参与过氧化物酶体组织的组成和蛋白质磷酸化等。随后预测出4个网络中打分最高功能模块的功能,并进行拓扑属性分析、功能模块分析、集群注释和聚类分析。研究结果可为鉴定蛋白质的功能、寻找关键蛋白及选育优良品种等提供理论依据。
- 王芬潘发莲杨秀韦永欢裴会敏
- 关键词：福鼎大白茶蛋白质相互作用网络关键蛋白蛋白质功能
- 蛋白质相互作用网络中关键蛋白质识别算法
- 蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。根据蛋白质对于生物体自身活性的重要性存在差异,可将蛋白质划分为关键和非关键两类。关键蛋白质是生物体生存和繁殖所必须的蛋白质,研究关键蛋白质有助于我们熟悉细胞存活的基本要求,并且可...
- 陈云天
- 关键词：蛋白质相互作用网络多属性决策随机游走
- 蛋白质相互作用网络中关键蛋白质和蛋白质复合物识别算法
- 蛋白质是生物体的物质基础，生物体的活动离不开蛋白质的相互作用。蛋白质若要发挥生物学功能，既能够以单一蛋白质作为关键蛋白质的方式作为生物体生存的基础，也能够以多个蛋白质聚合组成蛋白质复合物的方式完成生物功能。从蛋白质个体的...
- 刘畅
- 关键词：蛋白质相互作用网络
