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缺血性脑卒中铁死亡特征基因NFE2L2的鉴定与验证
2025年
背景:铁死亡与缺血性脑卒中的发病密切相关,靶向铁死亡是一种治疗缺血性脑卒中有前景的方案,但具体调控靶点尚不明确。目的:通过生物信息学和机器学习方法筛选缺血性脑卒中铁死亡相关特征基因,并通过细胞实验进行验证,探讨铁死亡在缺血性脑卒中的作用。方法:基于GEO数据库和FerrDb数据库选取符合条件的缺血性脑卒中相关数据集和铁死亡表达数据集,通过t检验筛选铁死亡相关差异基因。对铁死亡相关差异基因进行GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析。通过PPI网络分析和机器学习筛选缺血性脑卒中铁死亡的特征基因,利用ROC分析和GSEA分析探究特征基因的准确性和生物功能。然后进行细胞实验,将HT22细胞分为对照组与缺血性脑卒中组,对照组不作任何干预,缺血性脑卒中组加入0.1 mol/L的H_(2)O_(2)干预24 h诱导细胞氧化应激和铁死亡,通过实时荧光定量RT-PCR和Western Blot验证铁死亡的发生和特征基因表达。结果与结论:(1)共获取45个铁死亡相关差异基因,GO和KEGG富集分析发现差异基因与氧化应激、自噬、铁死亡、脂肪细胞因子信号通路和线粒体代谢密切相关。(2)通过PPI网络中的MCODE插件和cytoHubba插件与机器学习中的LASSO算法和SVM-RFE算法共鉴定出1个铁死亡特征基因核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,NFE2L2)。(3)对NFE2L2进行ROC曲线分析,发现在训练集和验证集中构建的诊断预测模型具有良好的准确性与特异性;对NFE2L2进行GSEA分析,发现特征基因通过免疫、炎症反应、氨基酸代谢及神经因子调控等方面参与缺血性脑卒中发病机制的调控。(4)细胞实验的RT-PCR和Western Blot分析表明,与对照组对比,缺血性脑卒中组中的酰基辅酶A合成酶长链家族成员4 mRNA和蛋白表达水平显著增高(P<0.05),谷胱甘肽过氧化物酶4 mRNA和蛋白表达水平显著降低(P<0.05);与�
王咪马书杰刘杨齐瑞
关键词:缺血性脑卒中生物信息学特征基因细胞实验
草鱼不同月龄性腺组织学观察及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达分析
2025年
为探讨草鱼(Ctenopharyngodon idella)性腺发生、性别分化及发育规律,本研究对1、2、3、4、5、6、12、24、36和48月龄草鱼性腺组织结构以及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达差异进行了分析。组织切片结果显示,2月龄时,首次在生殖嵴中观察到原始生殖细胞,标志原始性腺形成。3月龄时,雌性草鱼性腺中观察到卵巢腔和卵巢小叶。4月龄时,观察到卵原细胞,表明其在3月龄时出现解剖学分化,4月龄时出现细胞学分化。4月龄雄性草鱼在性腺中观察到输精导管,5月龄时观察到精原细胞,表明其在4月龄出现解剖学分化,5月龄出现细胞学分化。12、24、36和48月龄草鱼卵巢分别处于发育的第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期,精巢则分别为发育的第Ⅱ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期。荧光定量结果显示,雌性特征基因cyp19a1a在卵巢中的表达量总体呈先上升后下降再上升的趋势,2月龄时显著上调(P<0.05),3、6和48月龄时处于峰值。雄性特征基因amh在精巢中表达量总体呈先上升后下降的趋势。2月龄时显著上调(P<0.05),5月龄时达到峰值。综上,草鱼性腺发育启动时间约为2月龄,雌雄性腺分化时间分别约为3月龄和4月龄,至4龄时雌雄性腺发育成熟。本研究结果丰富了草鱼的繁殖生理学资料,也为其性别调控技术研究奠定了基础。
祁博李胜杰杜金星肖小芳张东云朱涛雷彩霞刘志军宋红梅
关键词:草鱼性别分化
基于NSGA-ANN的特征基因筛选方法及ceRNA网络的构建方法
本发明公开了基于NSGA‑ANN的特征基因筛选方法及ceRNA网络的构建方法,涉及胃癌研究技术领域。本发明利用公共基因表达数据库,运用非支配排序遗传算法和多层感知机结合生物统计方法实现了对胃癌关键相关基因的筛选,并构建了...
张宸瑄姜彬夏清玲陈嘉泓乔世进邓朝钟
基于分类特征基因集去除单细胞微生物基因组物种组装结果中污染的方法、系统及设备
本发明提供了一种基于分类特征基因集去除单细胞微生物基因组物种组装结果中污染的方法、系统及设备。本发明基于特征基因集在物种基因组内的出现规律,逐步搜索获取长度阈值与覆盖度阈值的最佳组合,用于对单细胞微生物基因组物种组装结果...
巢杉
肺腺癌中高增殖肿瘤亚群的鉴别及特征基因集与应用
本发明公开了肺腺癌中高增殖肿瘤亚群的鉴别及特征基因集与应用。本发明经过一系列质控、细胞过滤、反复降维、聚类、细胞鉴定、生物富集分析、拷贝数变异分析等,发现了肺腺癌组织中具有高度分裂增殖能力的“干性”肿瘤细胞亚群,即高增殖...
熊延路张晏宁梁嘉赫文苗苗孙盈王雪娇田娅慧
基于APT攻击的网络特征基因突变识别方法、设备及介质
本发明公开了一种基于APT攻击的网络特征基因突变识别方法、设备及介质,该识别方法包括:将采集到的网络流量进行拆解并获取聚合的会话数据;从所获取聚合的会话数据中提取网络行为特征,并生成网络行为基因;将获取的网络行为基因输入...
谢东蒋烈付从海贾锦辉闫玉龙石林王庭宇
一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置
本发明提供了一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置,其中该方法,包括:基于癌症体细胞突变数据对癌症基因组中每个基因的体细胞错义突变数量进行建模得到双组分混合模型;利用双组分混合模型完成人类基因数据中驱动组分和...
周展朱许诺赵文艺王偲琪
一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置
本发明提供了一种基于分子进化选择压预测癌症特征基因的方法与装置,其中该方法,包括:基于癌症体细胞突变数据对癌症基因组中每个基因的体细胞错义突变数量进行建模得到双组分混合模型;利用双组分混合模型完成人类基因数据中驱动组分和...
周展朱许诺赵文艺王偲琪
一种特发性肺纤维化浆细胞特征基因预后模型构建方法
本发明提供了一种特发性肺纤维化浆细胞特征基因预后模型构建方法,包括:进行单细胞转录组数据分析,进行组织水平转录组数据差异表达基因分析,进行免疫细胞浸润分析,进行加权基因共表达网络分析,进行浆细胞相关候选基因的筛选,进行浆...
卢文菊林范杰张子丽
三角帆蚌生物矿化特征基因的挖掘及功能验证
三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)是我国重要的淡水珍珠育珠贝,所育珍珠产量占世界总珍珠产量的90%以上,在世界珍珠养殖产业中具有重要地位。但在现阶段由于苗种质量下降和环境政策的影响,我国淡水珍珠养殖规模和产...
胡宏辉
关键词:三角帆蚌生物矿化基因家族基因组变异胶原蛋白

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阮晓钢
作品数:530被引量:1,283H指数:17
供职机构:北京工业大学
研究主题:机器人 移动机器人 神经网络 自平衡 基因表达谱
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作品数:365被引量:1,298H指数:16
供职机构:清华大学
研究主题:基因表达谱 基因芯片 护理 基因功能 基因表达
郭政
作品数:143被引量:279H指数:8
供职机构:哈尔滨工业大学
研究主题:基因表达谱 基因功能 ONTOLOGY 基因表达 基因芯片
郭美丽
作品数:142被引量:878H指数:18
供职机构:第二军医大学
研究主题:红花 青葙 化学成分 蜂斗菜 皂苷类化合物
李建更
作品数:86被引量:228H指数:8
供职机构:北京工业大学
研究主题:基因表达谱 支持向量机 胃癌 特征基因 鲁棒性