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核基质附着区广泛参与基因组三维结构折叠的生物信息学分析被引量：1: 2017年; 在细胞分裂间期,每条染色质都占据着特定的染色质领域(chromosome territory,CT)。每个CT领域内进一步分成不同的拓扑学相关区域(topological associated domain,TAD),每个TAD又由若干子TAD(sub-TAD)构成。不同的TAD相互聚集,形成基因活跃表达和不表达的A、B两种组份或区室(compartment)。然而,目前对于染色质折叠方式及维持机制的研究尚无定论。核基质附着区(matrix attachment regions,MARs)是在不同物种基因组中广泛存在的一类富含AT序列的与核基质结合的DNA元件,能够通过与CTCF、SATB1等调控蛋白质相互作用,对远距离的基因表达进行调控。本研究以染色质三维结构为背景,通过整合染色质三维结构及组蛋白修饰等组学数据,对MARs元件与染色质三维结构的关系进行研究,对MARs元件参与形成的相互作用网络的结构及功能进行探索。结果发现,MARs元件与染色质三维结构高度相关,而且在高强度相互作用中占据较大的比例,提示MARs元件在染色质折叠方面发挥作用。此外,通过拓扑结构聚类分析还首次揭示,MARs元件分为不同类型,包括维持染色质领域及空间构象等的结构单元部分,以及调控基因表达等的功能单元部分。这表明,MARs元件在基因组三维高级结构的建立、维持以及功能等方面发挥重要作用。; 何超李平张彦师明磊张香媛谢德建沈文龙赵志虎; 关键词：核基质附着区生物信息学

核基质附着区调控CHO细胞转基因表达序列分子特征的研究: 背景利用基因重组技术可生产具有治疗作用的重组蛋白。针对重组蛋白的生产,目前应用最多的细胞表达系统是中国仓鼠卵巢(Chinese hamster ovary,CHO)细胞表达系统。但是CHO细胞表达系统存在转基因表达不稳定...; 孙秋丽; 关键词：核基质附着区 CHO细胞转基因表达; 文献传递

核基质附着区MAR增强Survivin启动子驱动的双自杀基因CD//TK靶向治疗胃癌的实验研究: 世界卫生组织（WHO）国际癌症研究机构（The International Agency forResearch on Cancer）发表的《2014年全球癌症报告》称：2012年全球癌症患者和死亡病例都在令人不安地增加...; 牛颖; 关键词：核基质附着区自杀基因 SURVIVIN启动子; 文献传递

β-珠蛋白核基质附着区介导表达载体附着于CHO细胞稳定存在: 背景附着体载体是基因治疗中一种新型表达载体,可在宿主细胞中以附着体形式存在,并随细胞有丝分裂分离到子代细胞中。与整合型载体相比,附着体载体能有效避免整合型载体因插入突变引起的不足,且能维持转基因持续并且高效的表达。核基质...; 吴向楠; 关键词：核基质附着区转基因表达增强型绿色荧光蛋白; 文献传递

人β-珠蛋白核基质附着区介导表达载体稳定附着于中国仓鼠卵巢细胞: 2013年; 目的研究人β-珠蛋白核基质附着区是否能够介导表达载体稳定附着于中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。方法人β-珠蛋白MAR序列克隆到pEGFP-C1构建重组质粒载体pEGFP-MAR,转染CHO细胞,使用Hirt裂解法提取细胞中附着体质粒,CaCl2法转化附着体质粒到宿主大肠杆菌DH5ɑ中,提取质粒,酶切,测序分析。结果还原质粒双酶切和单酶切结果均与转染前质粒酶切结果一致;测序分析得知还原质粒与转染前质粒中插入片段DNA序列相同。结论人β-珠蛋白MAR序列重组载体在CHO细胞中以附着体形式被完整还原出来。还原质粒酶切结果和测序结果均与转染前质粒一致。; 吴向楠王天云杨瑞王俪王芳; 关键词：核基质附着区中国仓鼠卵巢细胞

杜氏盐藻核基质附着区结合蛋白及其制备方法: 一种杜氏盐藻核基质附着区结合蛋白的制备和鉴定方法。利用简并寡核苷酸PCR法以及cDNA末端快速扩增法（RACE），能够获得新的杜氏盐藻核基质附着区结合蛋白的cDNA序列。该蛋白可在大肠杆菌和/或哺乳动物细胞中表达，它定位...; 薛乐勋王天云潘卫东王亚峰姬翔冯英才王鹏举柴玉荣侯桂琴; 文献传递

核基质附着区结合蛋白与皮肤鳞状细胞癌的相关性研究: 2011年; 目的探讨核基质附着区结合蛋白（MARBP）与皮肤鳞状细胞癌（SCC）的相关性，筛选相关性较高的MARBP。方法以取材自2例SCC患者正常皮肤组织和HaCaT细胞作为对照，应用RT—PCR方法，检测部分已知与肿瘤相关的MARBP（CUX1、LaminB1、Nucleolin、hnRNPU、SAFB2、SATB1、YBX1）mRNA在12例SCC肿瘤组织和瘤旁组织、人皮肤鳞状细胞癌细胞系Colo-16细胞、人表皮癌A431细胞的表达水平。结果所有被检测的MARBPmRNA在2例正常皮肤组织均未见明显表达，在12例SCC肿瘤组织和瘤旁组织、Colo-16、A431细胞系中均有不同程度和不同比例的表达，在HaCaT细胞系中，除SATB1外，其余MARBPmRNA均有表达。SCC肿瘤组织和瘤旁组织MARBPmRNA表达水平的比较显示CUX1、Nucleolin和YBX1差异有统计学意义；LaminB1、hnRNPU、SAFB2和SATB1差异无统计学意义。结论CUXl、Nucleolin和YBX1等MARBPrnRNA可能参与SCC的发生、发展；; 张磊刘毅陈浩程芳李小静方方赵亮王焱孙建方; 关键词：鳞状细胞表观遗传学

杜氏盐藻核基质附着区结合蛋白基因的克隆及原核表达被引量：1: 2008年; 目的:构建杜氏盐藻核基质附着区(MAR)结合蛋白的原核表达载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),表达并纯化融合蛋白。方法:根据GenBank上杜氏盐藻MAR结合蛋白的cDNA全长序列设计出含有特定酶切位点的引物,PCR法获得MAR结合蛋白基因序列全长,将其克隆至载体pMD18-T中。酶切连接到pET-28a(+)上构建原核表达载体pET-MBP,转化感受态大肠杆菌BL21(DE3),异丙基硫代-β-半乳糖苷(IPTG)诱导其表达,Western blotting检验其表达结果。结果:重组质粒经酶切、PCR、测序鉴定,成功构建了原核表达载体pET-MBP,对表达的融合蛋白的Western blotting分析结果表明表达的蛋白质为目的蛋白。Ni2+亲和层析法纯化蛋白质,纯化后目的蛋白在总蛋白中的含量约为70%。结论:成功地克隆杜氏盐藻MAR结合蛋白基因的全长并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,且纯化了MAR结合蛋白的融合蛋白。; 冯英才王天云王鹏举刘红涛刘兰琦薛乐勋; 关键词：杜氏盐藻核基质附着区原核表达

人β-干扰素核基质附着区在CHO细胞中对转基因表达的调控被引量：5: 2008年; 背景:核基质附着区是染色质被限制酶消化后仍附着在核基质上的DNA序列,不仅可影响邻近内源基因的表达,还能克服转基因沉默,提高外源基因的转录与表达。目的:探讨在CHO细胞中β-干扰素核基质附着区对氯霉素乙酰转移酶转基因表达的影响。设计、时间及地点:开放性实验,于2006-10/2007-04在新乡医学院生物化学与分子生物学实验室及分子研究室完成。材料:CHO细胞株由中国典型培养物保藏中心提供。含氯霉素乙酰转移酶报告基因及G418筛选标记的质粒pCATG载体由本实验室构建。方法:将PCR扩增得到的人β-干扰素核基质附着区分别用SacI/KpnI及BamHI/SalI酶切,连接至用相应内切酶酶切的pCATG载体上,转化E.coliJM109,提取质粒行酶切电泳,将构建好的载体命名为pCAT-MAR,该载体含氯霉素乙酰转移酶报告基因表达盒及两侧的β-干扰素核基质附着区。分别用载体pCATG及pCAT-MAR转化CHO细胞,提取具有G418抗性的细胞株基因组DNA,PCR扩增氯霉素乙酰转移酶基因。主要观察指标:ELISA法分析氯霉素乙酰转移酶报告基因的表达。PCR法检测pCAT-MAR载体是否稳定整合在宿主基因组上。结果:①pCATG转化的CHO细胞共筛选出16个阳性细胞株,pCAT-MAR转化的CHO细胞筛选出17个阳性细胞株。β-干扰素核基质附着区可使氯霉素乙酰转移酶报告基因表达水平提高2.8倍,pCATG转化CHO细胞的变异系数为2.0650,pCAT-MAR转化CHO细胞的变异系数仅为0.8131。②稳定转化的细胞株基因组DNA均扩增出437bp目的片段,证明pCAT-MAR载体已经稳定整合到基因组上。结论:β-干扰素核基质附着区能提高转基因在CHO细胞的表达水平,并且可降低不同转化细胞株之间转基因表达的差异性。; 昝玉玺王天云张俊河王俐; 关键词：核基质结合区基因沉默报告基因

Alpha 1抗胰蛋白酶核基质附着区增强RNA聚合酶Ⅱ依赖的转录: 2007年; 核基质附着区是一种真核生物的DNA元件,能调控染色体结构和活性。为研究体内MAR相关的染色质准入和转录调控,从人基因组中克隆了Alpha1抗胰蛋白酶核基质附着区(α1-ATMAR)并将其连入pEGFP-C1载体。分别以空载体和携带MAR的载体通过脂质体法转染人胚肾293细胞系。经G418筛选20天的细胞池用作实验分析。半定量RT-PCR及荧光显微镜观察显示此MAR能够增强临近基因的表达。进一步用染色质免疫共沉淀(ChIP)共定位CMV启动子和RNA聚合酶Ⅱ(RNAPⅡ),PCR结果显示存在MAR元件时,更多的RNA聚合酶Ⅱ被富集到启动子区。ChIP方法可用于证实MAR介导的转录激活,在实时检测方面比RT-PCR提供了更多动力学信息。这项技术为进一步研究基因表达调控提供了技术平台。; 李志艳张涌; 关键词：核基质附着区转录调控

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