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可变数目串联重复 序列 和全基因组测序在一起学校结核传播中的应用2024年 可变数目串联重复 序列 (variable number tandem repeats,VNTR)和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析一起学校结核病疫情的传播情况,探讨2种基因分型方法在处理学校结核传播中的作用。方法对2019年北京市首起学校耐多药肺结核聚集性疫情中获得的6株菌株分别进行菌种鉴定、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、VNTR以及WGS分析,分析菌株的分型特征,确定传播链。结果6株阳性培养菌株共涉及2个年级4个班的6名学生,其中1人为首发病例,3人是首发病例的密切接触者,另外2人为一般接触者。经菌种鉴定6株菌株均为结核分枝杆菌。Spoligotyping分型结果显示5株菌株为北京基因型,另1株无结果。VNTR基因分型将6株菌株分成3个簇,菌株成簇率为66.7%,最大的一簇包含4株菌株,基因型相同,表明存在一定程度的近期传播。其余2株为单一菌株,分别在1~2个位点上与其他4株菌相差1.0~1.6个拷贝。WGS结果显示6株菌株间基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)差异均>12个SNP,按照本研究分子生物学鉴定标准,6株菌株间异质性较大,不存在同源性。结论WGS较VNTR基因分型方法在判断结核病近期传播方面有更高的精度和优势。在学校发生结核病疫情,尤其是有耐药结核病例时,WGS能更加精准的鉴定结核病近期传播情况,应作为传统流行病学的补充。关键词：结核病 全基因组测序 可变数目串联重复序列 中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复 序列 分析基因型多态性 2024年 可变数目串联重复 序列 分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编号和命名,分析不同来源菌株MLVA基因型的分布特征,同时通过Bionumerics软件绘制聚类图,分析不同基因型间的遗传关系。结果MLVA15分型可 将533株中国炭疽芽胞杆菌分为4群91个基因型,其中54个基因型为中国独有的基因型。新命名的基因型MLVA15-CHN1~MLVA15-CHN6广泛分布于中国不同地区、不同年代和宿主,其余基因型具有地区和年代特征性。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库,掌握了MLVA基因型分布特征及其遗传多态性,为中国炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。关键词：炭疽芽胞杆菌 基因分型 遗传多态性 贵州省2013-2021年羊种布鲁氏菌分离株的多位点可变数目串联重复 序列 分析 被引量：1 2022年 可变数目串联重复 序列 分析(MLVA-16)技术进行分型分析。对MLVA分型结果进行整理及聚类分析,了解贵州省羊种布鲁氏菌的MLVA型别分布及分子流行病学特征。结果78株羊种菌分离株经BCSP31-PCR技术均鉴定为布鲁氏菌属细菌,AMOS-PCR技术将其均鉴定为羊种布鲁氏菌,MLVA-8分型技术将其分为5种MLVA型,MLVA-16分型技术将其分为46种MLVA型,其中遵义市的MLVA-16基因型型别分布最多。基于MLVA-16分型数据聚类分析显示,78株分离株亲缘关系较近,被聚类为4个群;最小生成树图显示,78株分离株被分为8个遗传复合体和14个单体。结论贵州省羊种布鲁氏菌MLVA型别呈多样性,提示贵州省布病疫情的病原体可 能存在多条传播链。关键词：羊种布鲁氏菌 MLVA 新疆鼠疫菌株多位点可变数目串联重复 序列 基因分型研究 被引量：1 2021年 可变数目串联重复 序列 基因分型方法,对新疆维吾尔自治区(新疆)4个类型鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)分离株进行基因分型研究,探析新疆分离株与我国其他鼠疫疫源地分离株之间的遗传进化关系。方法收集2015-2019年新疆4个类型鼠疫自然疫源地18株分离株,提取鼠疫菌基因组DNA,采用多位点可变数目串联重复 序列 分析(MLVA)(14+12 VNTR位点)技术、多色毛细管电泳方法进行基因分型,运用BioNumerics 7.6软件对基因分型结果进行聚类分析。结果 18株鼠疫分离株被14位点MLVA分为3个群、12个基因型;被14+12位点MLVA分为3个群、15个基因型,且同类型鼠疫自然疫源地分离株聚为一个分支。不同时期、同类型鼠疫自然疫源地的分离株亲缘关系较近,基因型存在明显的地区聚集性,遗传性相对稳定。结论新疆4个类型鼠疫自然疫源地分离株基因型呈多态性,遗传性相对稳定;MLVA分型方法适宜新疆鼠疫分离株遗传进化与溯源研究。关键词：鼠疫耶尔森菌 2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复 序列 基因分型研究 被引量：3 2021年 可变数目串联重复 序列 分析(MLVA)对四川省2015—2019年人间布鲁氏菌病(布病)分离菌株进行分型研究,为当地人间布病防控工作提供参考。方法选用MLVA-16方法对四川省布鲁氏菌株进行分型实验,通过在线数据库对比MLVA-8型别,利用Bio Numerics对MLVA-16位点重复 数进行聚类分析。结果四川省布鲁氏菌株被分为29个MLVA-16基因型,遗传相似度在74.6%~100.0%,具有42、43、83共3个MLVA-8型,三者均起源于东地中海群,42型为主要MLVA-8基因型。MLVA-8方法分辨率为0.356,MLVA-16分辨力为0.991,其中Bruce04、Bruce16及Bruce30位点分辨力较高,可 采用MLVA-16方法作为本地暴发调查和散发疫情监测手段。结论四川省主要流行株为42型(MLVA-8型别)羊种布鲁氏菌,与全国流行株一致,提示该省布病疫情与北方疫情存在关联。本研究首次将四川省布鲁氏菌进行MLVA分型,利用其构建的数据库将对四川省未来的布病监测及分子溯源工作提供基础数据支持。关键词：布鲁氏菌病 羊种布鲁氏菌 四川省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复 序列 基因分型及流行病学研究 被引量：2 2021年 可变数目串联重复 序列 分析方法对四川省鼠疫耶尔森菌进行基因分型研究,为四川省鼠疫防控提供科学依据。方法选用14+12分级分型方案对四川省历年分离的132株鼠疫菌进行PCR扩增并计算重复 拷贝数,通过Bio Numerics对各位点重复 数进行聚类分析。结果四川省青海田鼠鼠疫自然疫源地菌株可 被分为5个群9个基因型,再分型将占比最高的基因群分为3个亚群24个亚型;喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地菌株可 被分为4个群14个基因型,再分型将占比最高的基因群分为3个亚群18个亚型。喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,甘孜州德格县鼠疫菌株VNTR与其他4处自然疫源地差异较大,但基因型相对保守。仅利用14个位点不能满足四川省鼠疫菌株分型需求,需结合12个位点再分型以提高分辨率或直接使用26个位点一并进行分析。结论本次实验所获得的MLVA型与四川省鼠疫菌株生态型以及自然疫源地的空间分布吻合较好,存在明显的地区聚集性,利用其构建的数据库将对该省未来的鼠疫菌株进化及溯源研究提供技术支持。关键词：鼠疫 甘肃省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复 序列 基因分型及地区分布 被引量：4 2021年 可变数目串联重复 序列 (MLVA)对甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)进行基因分型,探讨甘肃省鼠疫菌地区分布特征。方法选取1962-2014年间甘肃省各市县(区)不同生态型的鼠疫菌198株,培养并提取基因组DNA。采用14+12对引物进行PCR扩增,产物进行测序,确定每对引物串联 重复 序列 (VNTR)位点的拷贝数。应用BioNumerics 5.10软件对菌株的VNTR位点拷贝数进行聚类分析。结果甘肃省鼠疫菌分为10个群,群内的菌株依据分离地点继续细化为5-28个分支。10个群分别为:阿拉善黄鼠疫源地菌株聚为1个群;甘南高原疫源地菌株聚成1个群;阿克塞县菌株分成2个群,为当金山群和加尔乌宗村群;肃北县菌株分为3个群,为马场群、党城湾镇群和鱼儿红群;玉门市菌株聚集在肃北县鱼儿红群内;肃南县菌株分为3个群,为大河乡群、马蹄乡群和康乐乡群。结论MLVA可 以清晰地区分甘肃省不同鼠疫疫源地的菌株,将疫源地内菌株继续细分为不同分支,直至精确的分离地点。MLVA分型方法可 用于鼠疫菌株的溯源分析。关键词：鼠疫耶尔森菌 MLVA 新疆维吾尔自治区人间布鲁氏菌多位点可变数目串联重复 序列 分型研究 被引量：3 2020年 可变数目串联重复 序列 分析(MLVA)方法对新疆维吾尔自治区(新疆)分离的人间布鲁氏菌进行基因型分析。方法采用布鲁氏菌MLVA16-多色毛细管电泳分型方法,对2015年和2016年分离自新疆7个地(州、市)的24株人间布鲁氏菌临床分离株和3株布鲁氏菌标准菌株进行分型;利用BioNumerics(Version 7.5)软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系。结果MLVA16分型可 将不同种布鲁氏菌予以区分,24株临床分离株panel1、panel2A均为42型和108型,panel2B具有多态性;24株临床分离株被聚类为一个分支,与羊种布鲁氏菌聚类为一个大分支,个别不同地区分离株的亲缘关系较近。结论羊种3型布鲁氏菌是新疆人间布鲁氏菌病(布病)的主要流行菌株,MLVA16-多色毛细管电泳分型作为一种快速、可 靠的基因分型方法,可 为新疆人间布病传染源的溯源研究提供依据。关键词：布鲁氏菌 临床分离株 15位点重复 单元-可变数目串联重复 序列 技术在河南地区结核分枝杆菌的基因分辨率的对比分析研究 2020年 重复 单元-可变数目串联重复 序列 (MIRU-VNTR)对河南省结核分枝杆菌的分辨力与其他地区的区别。方法使用Spoligotyping和MIRU-VNTR对菌株进行分型,分析北京家族基因型在性别、年龄和地区间的分布情况。将15个位点对本省菌株的分辨率与其他地区结果相比较。结果本省东部地区患者感染北京家族结核的比例高于其他地区,尤其高于西部地区。本省55岁以上的人群更易感染北京型菌株。7个位点(Mtub04、MIRU10、MIRU39、MIRU31、Mtub21、MIRU26和Qub26)对河南菌株的分辨能力优于其他地区。15位点MIRU-VNTR结合Spoligotyping的分辨力高于我国其他大部分地区,但略低于上海和黑龙江。结论北京基因型在本省的分布存在地区和年龄的差异。15个位点MIRU-VNTR的分辨力在本省和其他地区间存在明显不同,因此需针对本省菌株指定合适的分型方案。关键词：结核分枝杆菌 中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复 序列 分型方法的建立 被引量：4 2019年 可变数目串联重复 序列 分析(MLVA)方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复 序列 (VNTR)位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低(71.90%),VP1-17不具备多态性(Nei值=0.00),VP2-07的稳定性差;6个位点的组合(VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8)分型方案可 将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可 区分相同的ST型菌株。结论 6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。关键词：副溶血弧菌 可变数目串联重复序列 流行病学
