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Abacavir-HLA-B*5701-peptide分子模建与动力学模拟: 近年来，越来越多的全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study,GWAS）发现：遗传异质性药物毒副作用（Adverse Drug Reactions, ADRs）与人类白细胞抗原（Huma...; 王青; 关键词：阿巴卡韦药物毒副作用; 文献传递

米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接被引量：3: 2011年; 【目的】研究米曲霉木糖醇脱氢酶基因的结构与功能。【方法】克隆测序来源于米曲霉的木糖醇脱氢酶(XDH)基因,利用Swiss-MODEL和Modeller对XDH进行三级结构模建,通过PROCHECK和Prosa2003对得到的4个目标模型进行评价,从中得到一个最佳模型。在同源建模的基础上,通过分子对接软件MolsoftICM-Pro,对辅因子进行对接,预测了XDH与NAD+、Zn2+作用的相关残基。寻找底物木糖醇与XDH结合的可能活性口袋,用Molsoft模拟XDH与木糖醇的对接,预测了酶与底物作用的关键氨基酸残基。【结果】结构分析显示,米曲霉XDH含有醇脱氢酶家族锌指纹结构和典型醇脱氢酶Rossmann折叠的辅酶结合域,属于Medium-chain脱氢酶(MDR)家族。通过对接研究,预测了XDH与NAD+之间形成氢键的氨基酸有Asp206、Arg211、Ser255、Ser301和Arg303,这些氨基酸位于结合域,与Zn2+形成氢键的氨基酸有His72和Glu73,位于催化域,与天然底物木糖醇形成氢键的氨基酸有Ile46、Ile349、Lys350和Thr351,位于催化域。【结论】所得信息对XDH分子定向改造、拓展米曲霉工业应用范围有重要意义。; 陈宏文苟元波张卡方柏山; 关键词：木糖醇脱氢酶米曲霉同源建模分子对接

G-蛋白偶联受体GPR120分子模建研究被引量：4: 2009年; 新的长链脂肪酸受体G-蛋白偶联受体120(G-protein-coupled receptor120,GPR120)是2型糖尿病的潜在治疗靶标.由于其晶体结构迄今尚未获得,成为基于结构的新药设计的瓶颈.首先,以人体β2肾上腺能素受体(human β2 adrenergic receptor,β2AR)晶体结构为模板,通过同源模建方法构建GPR120三维结构,对整个体系进行包膜的分子动力学模拟.然后采用分子对接技术模建了GPR120的小分子激动剂GW9508与GPR120的相互作用模型,发现了受体分子识别的关键性残基,为开展定点突变实验提供了指导意义.所建模型为研究受体与配体作用提供了合理的初始结构,此方法也适用于其他G蛋白偶联受体的分子模建.; 陆绍永蒋勇军俞庆森邹建卫; 关键词：G-蛋白偶联受体同源模建分子动力学模拟 2型糖尿病

苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建: 2009年; 通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的均方根差值为0.537 592,在合理范围之内.此外,通过分析Paras-porin-1结构域Ⅰ中的-βloop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间.; 袁宇熹张同武陈智山林毅; 关键词：同源建模分子动力学模拟蛋白酶

苏云金杆菌Ⅲ型抗癌晶体蛋白的分子模建被引量：1: 2009年; 通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白结构相似,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.486751,在合理范围之内,表明Parasporin-3蛋白模型良好。并对Ⅲ型抗癌晶体蛋白的两种蛋白的预测结构进行了比较。为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供信息。; 何伟张同武林毅; 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟

苏云金芽孢杆菌Ⅳ型抗癌晶体蛋白的分子模建: 2009年; 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示得到的Parasporin-4结构是具有三个结构域,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.547 742,在合理范围之内,表明Parasporin-4蛋白模型良好。研究结果为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供了结构信息。; 何伟张同武林毅; 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟

HAb18G/CD147及其单抗的分子模建对接和抗体人源化设计的研究: 随着计算机辅助分子模拟技术的蓬勃发展，计算生物学越来越多地应用于生命科学各个领域，包括蛋白质结构分析、预测和分子对接的理论方法和应用软件。这些方法和工具用于抗体结构和抗原-抗体相互作用的研究当中，将为抗体工程相关的研究和...; 杨滨; 关键词：HAB18G CD147 同源模建单抗; 文献传递

以特异性噬菌体为靶进行配基筛选的分子模建及活性鉴定: 2007年; 目的利用计算机辅助分子模拟技术,分析TNF模拟序列与配基的结合。方法利用计算机模建,对特异性模拟TNF的环七肽单表位克隆LCS-7(c-RRPAQSG-c)与以其为靶筛选获得的配基即TNFα结合肽LLT-18(EHMALTYPFRPP)及TNFα分子间相互结合作用进行分子模拟分析;并合成LLT-18进行ELISA鉴定与验证。结果和结论计算机模建分析显示LLT-18与TNFα表位模拟肽之间结合作用同其与TNFα分子间相互结合作用具有相似性;固相合成LLT-18短肽可与TNFα结合,证明了以噬菌体为靶进行配基筛选及分子模建预测小分子肽相互作用的可行性。; 罗海波胡远东刘北一李松富宁; 关键词：同源模建噬菌体 TNFΑ 结合肽

特异性抗肝癌单链抗体HscFv4-16的分子模建被引量：2: 2007年; 目的:模建特异性抗肝癌单链抗体HscFv4-16的三维结构,为高亲和力的抗肝癌单链抗体的人源化设计提供结构信息。方法:采用同源模建技术,在SGI图形工作站上,通过Accelrys公司InsightⅡ软件包的Homology模建分子结构,用Discover进行分子力学和动力学优化,最后用Prostat验证模拟结构的合理性。结果:HscFv4-16结构6个CDR襻位于Fv段的N端,形成一个与抗原结合的口袋,口袋深15.6。用Prostat验证,模建的三维结构的81.3%的Φ和Ψ分布于Ramachandran图的核心区域,模板1NQB的为83.2%。结论:成功模建特异性抗肝癌单链抗体HscFv4-16的三维结构,模拟结构合理可靠。; 叶刚杨冬华汤绍辉周旻丁世华罗静兰; 关键词：肝肿瘤

纤维蛋白原及其受体相互作用的结构域的预测及分子模建: 纤维蛋白原受体拮抗剂是当前抗血小板聚集药物研究的重要领域.利用同源模建方法构建纤维蛋白原受体的结构，并在序列比对和分子模建的基础上，推测并确定纤维蛋白原及其受体相互作用的结构域;将纤维蛋白原受体的结构域作为双杂交系统中的...; 杨洁姚佳杨建波冷瑶王小梅赵澎; 关键词：纤维蛋白原受体拮抗剂结构域分子模建酵母; 文献传递

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